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国民投票運動団体への資金規制・届出制導入の是非が争われています。
国民投票運動等の資金規制と団体届出制をめぐる議論は、国民投票法の改正に関連して浮上した論点です。具体的には、国民投票運動を行う団体に対して収支報告の義務づけや支出上限額の設定、外国人・外国法人からの寄附禁止といった資金規制を導入すべきか、また運動を行う団体に届出を義務づける制度を設けるべきかが争われています。推進側は、透明性の確保と公正な運動環境の整備を目的として、一定規模以上の支出を行う団体への収支報告義務化や上限額の設定、外国人寄附の禁止を主張しています。一方、慎重・反対側は、国民投票運動はなるべく自由に行われるべきという国民投票法の基本理念と、団体届出制は相容れないと指摘しています。さらに、複数の活動を行っている団体が国民投票に関連する支出を切り分けて把握することの実務上の困難など、制度設計上の課題も指摘されており、導入の可否や具体的な制度設計について意見が分かれています。