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国際卓越研究大学の推進が学費値上げや減免廃止を招くかが争点です。
国際卓越研究大学制度は、世界トップレベルの研究力を持つ大学を国が認定・支援する仕組みとして推進されています。この制度を巡り、認定を受けた大学における学費（授業料）の値上げや独自の学費減免制度の廃止との関係が論点となっています。批判的な立場からは、国際卓越研究大学の選定が大学に財政的な規模拡大を促し、結果として授業料値上げや独自減免制度の撤廃につながり、経済的に困難な学生を排除する構造を生み出しているという懸念が示されています。一方、政府側の立場からは、制度の趣旨として学生の経済的負担を増加させることは想定しておらず、事業規模の拡大は外部資金の獲得によって対応すべきものであると説明されています。すなわち、国際卓越研究大学の認定・推進が学費政策に与える影響について、制度の設計意図と実態との間に認識の相違があり、経済的に困難な学生の高等教育へのアクセス確保という観点から議論が行われています。