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副首都指定要件として特別区設置か連携協約かをめぐる行政体制の在り方が争われています。
副首都指定における地方行政体制の要件として、特別区設置を必須とするか、あるいは連携協約等の柔軟な形態でも認めるかが論点となっています。副首都推進法の議論において、当初は大阪都構想のような特別区設置が副首都指定の前提と位置づけられていましたが、与野党協議の結果、連携協約による一元的・一体的な行政体制でも要件を満たすとの結論に至り、法案に反映されました。これにより、都市ごとの特性に応じた多様な行政体制の選択肢が制度上開かれることになりました。一方で、特別区・連携協約に加え特別市を附則に明記すべきとの主張や、府市一体条例が連携協約に相当するとして都構想の必要性に疑問を呈する意見も示されています。また、都構想なしに副首都指定が可能になったことを批判的に捉え、特定政党の主張の整合性を問う声もあります。各論者の立場はスコア的に中立から支持寄りが多い中、一部には批判的な見解も含まれており、制度設計の細部をめぐる議論が続いています。