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副首都整備の予算規模・財源を法案審議前に明示すべきか否かが争われています。
副首都整備に係る財源確保と予算規模の明示をめぐる論点は、副首都整備法案の審議において、整備に要する費用の規模や国・地方の負担の在り方を法案審議の段階で明らかにすべきか否かという点に集約されます。法案に反対または慎重な立場の議員からは、予算規模が示されないまま法案を審議することは無責任であり、財政民主主義に反するとの批判が提起されました。具体的には、財源の根拠なく数兆円規模とも見込まれる副首都整備を推進することは「青天井」の財政支出につながるとの懸念や、不要不急の大型開発やインフラ整備を副首都整備の名目で国費推進する口実になるとの指摘がなされています。一方、政府・推進側の立場からは、副首都整備にかかる費用は副首都指定後に策定される整備方針の中で具体化されるものであり、現時点での明示は困難であるとの見解が示されています。また、費用が予算化される際には国会審議を経ることになるため、財政民主主義に反するものではないとの反論もなされています。このように、法案審議の段階で予算規模・財源を提示すべきとする立場と、整備方針策定後に予算化の段階で国会に諮れば足りるとする立場が対立しており、財政的透明性と立法手続きの関係が主要な争点となっています。