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副首都指定における国会の議決・関与の必要性をめぐり賛否が分かれています。
副首都の指定手続と国会の関与をめぐる論点は、政府が法令上の要件を満たした場合に内閣総理大臣が副首都を指定できる仕組みにおいて、国会の議決や審議が十分に確保されているか否かという問題です。副首都の指定は国家の統治機構に直接関わる重大な決定であるにもかかわらず、現行の法律では政令要件を満たすことで指定が可能となっており、国会が実質的に関与できる場面が限られているとの指摘があります。賛成側（政府・与党側）は、法律上の三要件に一定の限定がかけられており、その要件自体が国会で審議・制定されたものであるため、間接的に国会の関与は確保されていると主張します。一方、批判側（野党側）は、副首都の定義や機能に関する裁量基準が国会で十分に議論されておらず、また施策の進捗を国会がチェックできる仕組みが明示されていないとして、国会関与の強化を求めています。議論の結果、施策の進捗を国会がチェックできるよう国会の関与を明記する修正が合意に至りました。