2025年6月12日に開催された衆議院議院運営委員会（浜田靖一委員長）では、当日の本会議の議事運営について協議が行われました。議事日程第一「独立行政法人男女共同参画機構法案」および第二「同法の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律案」（いずれも内閣提出）を審議することが確認されました。討論については、日本維新の会の市村浩一郎氏（10分以内）、れいわ新選組の上村英明氏（3分以内）、日本共産党の塩川鉄也氏（3分以内）からそれぞれ反対討論の通告があり、その時間配分が決定されました。築山事務総長から本会議の議事手順の説明があり、両案は一括採決される予定であることも示されました。

本委員会では、当日午後1時開会の本会議において両法案を審議・採決する運営方針が確認されました。採決では日本維新の会、れいわ新選組、日本共産党、参政党、日本保守党が反対する見込みであることが示されました。次回の本会議・委員会の日程は公報で別途通知されることとなりました。