齊藤健一郎議員（NHKから国民を守る党）が、本法案に明確に賛成しつつも、サイバー通信情報監理委員会の実効性について懸念を示した。齊藤議員は、委員会が内閣府の下に設置されること、違法な情報取得に対する差止め強制力を持たないこと、委員選定の透明性が不十分であることを指摘し、国家公安委員会が形骸化している前例を踏まえ、同様の形骸化を懸念した。政府参考人は、委員会が通信情報保有機関への継続的検査・是正通知・資料提出要求・勧告権限を有すると説明したが、齊藤議員は強制力の不足を問題視し、監視体制の実質的機能確保を求めた。

佐藤正久議員（自民党）が、能動的サイバー防御に任ずる自衛隊・警察部隊の施設について、敵の重要攻撃目標になり得るとして、バックアップ機能整備とBCP（業務継続計画）策定・予算確保の必要性を強く主張した。中谷元防衛大臣は、司令部の地下化などの物理的防護強化、可搬型システムによるバックアップ手段確保、代替機能の特定を含むBCP策定への取組をこれまでも進めてきたと説明し、内閣官房とも連携しながら取組を継続する姿勢を示した。佐藤議員は更に施設を守る組織の必要性を指摘し、防衛大臣は検討を約束した。平大臣も内閣官房中心に予算確保・対応を求められ、引き続き対応する旨を示した。

三浦信祐議員（公明党）が、新法第45条に規定される協議会への参加者に対してセキュリティークリアランス制度を活用することが極めて重要だと主張し、取組を求めた。平将明大臣は、協議会では攻撃者の詳細な活動状況など機微な情報も含む共有が必要であり、重要経済安全情報を含む情報の提供にあたってセキュリティークリアランス制度の活用を含む必要な検討を進めていると答弁した。

国外サーバーへのアクセス・無害化措置の国際法上の位置付けをめぐり、賛否双方から議論が展開された。平将明大臣・中谷元防衛大臣は、措置は比例原則に基づく必要最小限のもので、対象サーバーに物理的被害や機能喪失等の大きな影響を生じさせることは想定しておらず、武力行使や専守防衛逸脱には当たらないと主張した。また措置の実施に際し外務大臣との事前協議を通じて国際法適合性を担保するとした。伊波洋一議員（沖縄の風）は、対象国が措置を武力攻撃とみなし物理的報復の口実にする危険があるとして憲法九条・専守防衛との整合性を問題視した。山添拓議員（日本共産党）も、相手国が日本の措置を武力攻撃と判断して報復・エスカレーションの口実とする可能性は否定できないと指摘し、独り善がりな否定だと批判した。

福山哲郎議員（立憲民主党）が、政府が示すアクセス・無害化措置の意思決定フローの最上位にNSC四大臣会合が位置付けられているにもかかわらず、NSC設置法の改正が今回の整備法案に盛り込まれていないことを強く批判した。福山議員は、NSC設置法上の審議事項の条文にサイバー分野が明示されておらず、ポンチ絵に示されたNSCの関与が法文上担保されていないと指摘した。平大臣はNSC設置法第2条第1項第11号の「国家安全保障に関する重要事項」にサイバー分野も当然含まれると解釈できると答弁したが、福山議員はこれに納得せず、NSC法改正なく法文上の担保がないとの主張を維持し、極めて遺憾であると述べた。

三浦信祐議員（公明党）が、通信情報の機械的情報抽出技術について国産化の必要性を改めて訴え、単に既存の国産技術を取り込むにとどまらず、国内企業と連携して技術開発・育成を行うよう求めた。また、能動的サイバー防御に適したAIシステムの構築や多言語対応LLMの先行整備も必要と主張した。平将明大臣は、利用可能な既存の国産技術の積極的な取り込みだけでなく、国内企業と連携した技術開発も含めた様々な可能性を検討するとともに、政府総力を挙げて育成にも注力すると答弁した。

野田国義議員（立憲民主党）が、地方公共団体のサイバーセキュリティー対策強化と政府支援の必要性を問いただした。村上誠一郎総務大臣は、自治体が通信情報の提供による分析支援、アクセス・無害化措置による防護、協議会への参加を通じた脅威情報共有が可能になるとし、引き続き関係省庁と連携して支援に取り組むと表明した。また総務省は、スキル不足へのガイドライン策定・助言、都道府県を通じたデジタル人材プール構築、自治体情報セキュリティクラウドによるコスト低減など複数の取組を行っていると説明した。野田議員は、特に小規模市町村を含む自治体のコスト・人員・スキル不足解消に向けた支援強化を求めた。

芳賀道也議員（国民民主党・新緑風会）が、自治体の情報システム標準化・ガバメントクラウド移行後にランニングコストが移行前の2〜3倍に増大する例が多いとして懸念を示し、補助対象の拡大とコスト低廉化への不断の努力を求めた。デジタル庁参考人は、コスト増加を課題として重く受け止め、見積チェックリストの配布・見積精査支援の実施、システム運用経費全体の削減対策の検討を国・地方デジタル共通基盤推進連絡協議会のワーキングチームで開始したと説明した。総務省参考人は補助対象の拡大は考えていないとしつつ、自治体の実態をデジタル庁に伝えて低廉化の取組に協力すると述べた。

山添拓議員（日本共産党）が、米国の国家サイバーセキュリティー戦略が同盟国との情報共有・運用協力を強調していることを踏まえ、日本のサイバー能力強化が結果として米国の世界戦略に資するものであり、日米同盟ゆえのサイバー脅威とも言えると批判した。防衛省参考人は、米国との二国間・多国間訓練や情報共有・人材交流を実施してきたと説明し、サイバーは日米同盟の基盤として各方面での協力拡大を目指すと答弁した。中谷元防衛大臣は、サイバーセキュリティーは日米同盟の基盤と位置付けつつ、日本の安全保障のために主体的な判断の下で連携強化を行っていると答弁した。三浦議員も諸外国との情報共有は必須として関係構築の強力な推進を求め、政府参考人も同盟国・同志国との連携深化の重要性を認めた。

本法案の根幹をなす能動的サイバー防御の必要性・妥当性をめぐり、幅広い議論が行われた。平将明大臣は「今のままでは国民・国家・日本経済を守れない」として法整備と能力構築への強い意欲を表明した。福山哲郎議員（立憲民主党）は法案に賛成しつつも、束ね法案による審議不足、NSC法未改正、警察からNSCへの情報上申義務の欠如など制度設計上の問題点を強く指摘した。齊藤健一郎議員（NHKから国民を守る党）は法案に明確に賛成しつつ、憲法21条・9条との整合性について問題提起した。伊波洋一議員（沖縄の風）は安保三文書に基づく軍事化の一環として本法案を批判し、外交的解決の追求を主張した。山添拓議員（日本共産党）はサイバー空間での戦争準備の合法化は許されないと明言し法案に反対した。

佐藤正久議員（自民党）が、能力を持つサイバー警察官が自衛官でないために防衛出動時に自衛権に基づくサイバー攻撃ができないという問題を指摘し、サイバー警察官の自衛官兼務を可能にする法整備の必要性を主張した。内閣法制局長官は、憲法に兼務を直ちに禁止する規定はないが、現状では兼務の具体的検討は行われていないと答弁した。中谷元防衛大臣は兼務禁止規定はないとしつつも、警察・自衛隊それぞれの果たすべき役割があり、状況に応じて適切に判断すると述べるにとどまった。佐藤議員は、法律がなければ超法規的対応になるとして今後の法整備検討を重ねて求めた。

佐藤正久議員（自民党）が、能動的サイバー防御において警察権と自衛権をシームレスに運用できる体制の必要性を主張しつつ、海外は有事を基本に一組織が両権限を行使するのに対し日本は警察権起点で非効率だと指摘した。福山哲郎議員（立憲民主党）は、警察が情報を圧倒的に保有しているにもかかわらず、警察からNSCへの情報上申義務が法文上規定されておらず、意思決定フローにおける役割分担が不明確だと批判した。平大臣は、一義的には警察が実施し、特に高度・組織的な攻撃への対処が必要な場合には内閣総理大臣が自衛隊に命じる仕組みと説明したが、福山議員はその判断基準の不明確さを問題視した。

通信の秘密・プライバシーへの影響をめぐり複数の議員が問題提起した。齊藤健一郎議員（NHKから国民を守る党）は、東京地裁判例や総務省ガイドラインを引用してIPアドレス等のメタデータも通信の秘密に該当し得るとして慎重な取り扱いと憲法整合性の確保を求めた。平大臣はIPアドレス等のメタデータも通信の秘密に該当し得るとの政府見解を明示した上で、公共の福祉とのバランスで一定の制約は許容されるとし、機械的情報の選別・分析という現枠組みで効果は十分に上げられると主張した。大島九州男議員（れいわ新選組）は通信の秘密・プライバシーへの懸念払拭と国民が安心できる運用を求め、野田国義議員（立憲民主党）も通信の秘密の重要性を確認しつつ適切な情報開示による懸念払拭を求めた。

野田国義議員（立憲民主党）が、有識者会議の提言を踏まえ、電気通信事業者が直面し得る訴訟リスクと通信ネットワーク運営への負担について、政府の対応を確認した。平将明大臣は、外外通信目的送信措置等への協力に関して電気通信事業者が法的責任を問われないよう法的根拠を明確化したと説明した。また、正当な理由がある場合には事業者が協力を拒むことができる旨を規定しており、事業者の負担についてもしっかり考慮すると表明した。

与党・公明党は法案に賛成しつつ人材育成・国産技術開発・国際連携の強化を求め、立憲民主党は賛成しながらもNSC法未改正や審議不足・警察情報上申義務の欠如など制度設計上の問題点を強く指摘した。日本共産党・沖縄の風は専守防衛・憲法九条との整合性や日米同盟への従属を問題視して反対を表明した。地方自治体のサイバー対策支援、通信の秘密保護、電気通信事業者の負担軽減、情報システム標準化後のランニングコスト問題についても議論が行われ、それぞれ引き続き検討・対応が求められた。