日本学術会議の独立性・自律性の確保について、各会派から論点が提示されました。山登志浩氏（立憲民主党）は、本法案によって「内閣総理大臣の関与が強化されている」と指摘し、監事の任命権・評価委員会委員の任命権が内閣総理大臣にあることや、会員選考における「フィルタリングが行われ、任命拒否と同じことが行われるおそれ」があると批判しました。田中健氏（国民民主党）は、ユネスコや国際学術会議が共有する「国際的なアカデミーとしての信頼を維持し続けるために不可欠とされる五要件が、法案の設計において十分に尊重されていない」と反対理由を述べました。塩川鉄也氏（日本共産党）は、法案が「現行法にある独立して職務を行うとの規定を削除し、日本学術会議の運営、財務、会員選考にまで政府が介入できる仕組みをつくろうとしている」と批判しました。三木圭恵氏（日本維新の会）は、真の独立のためには「財政面でも独立し、民営化の道を進むことが本来の姿」としつつ、会員選考における「一定の外部の科学者の目は必要」と主張しました。

2020年の会員候補六名の任命拒否問題が、本法案に反対する各会派の主要な論拠として取り上げられました。山登志浩氏（立憲民主党）は、「合理的な説明を行わないまま、学術会議の会員候補六名の任命を拒否した」ことを事の発端として指摘し、今回の審議でも「なぜ任命を拒否したのか、本会議や委員会で明確な答弁がなかったことは極めて遺憾」と批判しました。塩川鉄也氏（日本共産党）は「違法、不当な任命拒否をいまだ撤回せず、その理由すら明らかにしないまま」法案を提出した政府には「本法案を提出する資格がありません」と断じました。上村英明氏（れいわ新選組）は任命拒否を「きっかけとして、あたかも日本学術会議に深刻な問題があるかのように論点をすり替えて出てきたものが本法案」と批判しました。田中健氏（国民民主党）は「任命拒否をされた問題は、いまだに十分な説明がなされておらず、学術界の不信を払拭するに至っていない」として、この状況での法案成立に反対しました。三木圭恵氏（日本維新の会）は、国の行政機関である以上「総理の任命権に基づく判断は尊重されて当然」としつつ、「任命拒否について国民に対する説明責任があることも当然」と述べ、中立的な立場を示しました。

電気通信事業法等改正案および両防衛協定はいずれも起立多数で可決・承認されました。日本学術会議法案については、立憲民主党・れいわ新選組・日本共産党・国民民主党が反対討論を行い、日本維新の会が賛成討論を行った後、起立多数で可決されました。任命拒否問題の未解決や独立性の確保をめぐる論点は、反対各会派から共通して提起されました。