2025年5月13日に開催された衆議院議院運営委員会では、浜田靖一委員長の進行のもと、同日の本会議の議事日程の確認と運営手続きが審議されました。築山信彦事務総長から本会議の議事の順序について説明が行われ、議事日程第一（電気通信事業法等改正案）、第二・第三（日本とフィリピン、イタリアとの協定承認案件）、第四（日本学術会議法案）の各議案に関する採決見込みと反対会派の状況が報告されました。特に日本学術会議法案（日程第四）については、立憲民主党・無所属、国民民主党・無所属クラブ、れいわ新選組、日本共産党、参政党、日本保守党、有志の会、無所属の複数議員が反対の立場であり、山登志浩、三木圭恵、田中健、上村英明、塩川鉄也の各氏から討論の通告があることが確認されました。

委員会では、日本学術会議法案に対する討論時間の配分（山・三木・田中各氏は十分以内、上村・塩川両氏は三分以内）が異議なく決定されました。本会議は同日午後一時から開会し、次回本会議は5月15日木曜日午後一時からとすることが確認されました。