女性デジタル人材育成プランの推進と、機構・センターの役割について議論されました。三原じゅん子大臣（賛成）は「デジタル技術習得が女性の経済的自立に資する有効な手段」として推進を明言しました。竹谷とし子委員（賛成）は、公明党として女性デジタル人材育成プランを後押しし、「女性に向いている分野」と評価した上で、情報が分散しているとして機構による情報集約・一元提供を求めました。一方、井上哲士委員（反対寄り）は、デジタルスキル習得自体は否定しないとしつつ、「女性に対するエンパワーメントよりも経済界の求めるデジタル人材の育成に機構と男女共同参画センターを活用しようと考えているとしか思えない」と懸念を表明しました。

ジェンダーギャップ指数における政治分野スコアの低調を中心に議論されました。三原じゅん子大臣（賛成寄り）は、政治分野スコアが低調であることを「謙虚に受け止める必要がある」とし、政策・方針決定過程への女性参画が政府目標に届いていないと認識を示しました。また、女性議員へのハラスメントについて男女間の認識差が大きいことも指摘しました。片山大介委員（賛成寄り）は、衆議院での女性議員割合が一五・七％にとどまっていることを問題視し改善が必要と主張したものの、法案が具体的な解決策となり得るかについて疑問を呈しました。竹谷とし子委員（賛成）は、「政治を始めとするあらゆる意思決定の場に女性が参画することの重要性」を述べ法案に賛成しました。

女性の正規雇用比率向上と男女間賃金格差の解消について多角的に議論されました。三原じゅん子大臣（賛成）は「女性の経済的自立に向けた取組を重要と位置付け、機構として全力で推進する」と明言しました。竹詰仁委員（賛成寄り）は、女性の正規雇用比率が二十代でも六割に届かない現状を指摘し、「最初の高さを高めないと昇級・管理職への道も開けない」として積極的施策を求めました。また、厚生労働省からは、女性就業率が第五次男女共同参画基本計画の成果目標（八二％）をほぼ達成している一方、男女間賃金格差の主な要因として管理職比率や平均勤続年数の差が依然大きいとの説明がなされました。竹谷とし子委員（賛成）は、男女の収入格差改善のために法案による機構の貢献を評価し賛成しました。

ＮＷＥＣ改組によって女性教育・ジェンダー教育が後景に追いやられないかが主要な論点となりました。三原じゅん子大臣（賛成寄り）は「女性教育の振興は今後も非常に重要」とし機構でも継続するとした上で、男性へのアプローチも含めた総合的推進の必要性を述べました。井上哲士委員（反対寄り）は、宿泊を伴う集合研修が女性のエンパワーメントに不可欠であると主張し、「研修施設と宿泊施設が一体となったＮＷＥＣならではの充実した研修が全国の専門人材を育ててきた」とし、施設撤去により機能強化に逆行すると強く批判して法案に反対しました。大島九州男委員（反対寄り）は、内閣府移管によりむしろ機能を拡大できるはずなのに施設を撤去することは「知恵がない」と批判しました。木戸口英司委員（中立）は、施設廃止への反対意見に対し引き続き丁寧な説明を求めつつ、機能強化の目的達成を優先すべきと述べました。

女性の起業支援を機構・センターの重点機能として強化する方針が示されました。三原じゅん子大臣（賛成）は、「女性版骨太の方針二〇二五において、女性がアクセスしやすい各地の男女共同参画センター等を女性起業のサポート拠点として抜本的に強化することを盛り込んだ」と述べ、機構が起業支援の専門人材のデータベースを全国レベルで整備してセンターにつなぐ方針を明言しました。竹詰仁委員（賛成寄り）は、「女性の起業支援は評価できる」と明言しつつ、機構が独法として国から切り離されることなく連携を維持することが肝要だと求めました。

学校施設における男女トイレの数の格差と、避難所としての備蓄強化が論点となりました。井上哲士委員（賛成）は、都内のある区で男子用便器数が女子の約一・四倍に上る実態を示し、国連のスフィア基準（男女比一対三）の厳守と避難所となる学校での備蓄強化を文部科学省に強く求めました。文部科学省からは、法令上の数値基準は設けていないが学校施設整備指針で適切な整備を促しており、仮設トイレは女性用を多めに確保することが望ましいと周知しているとの説明がありました。今後もスフィア基準に沿った取組推進が求められる旨が確認されました。

ＮＷＥＣを廃止し内閣府所管の独立行政法人男女共同参画機構を新設する法案の必要性・合理性をめぐり、賛否が明確に分かれた活発な議論が行われました。三原じゅん子大臣（賛成）は「地域から男女共同参画を進め、男性や若者へのアプローチを充実させるためにも必要な法案」と全力支持を表明しました。山谷えり子委員（賛成寄り）は、法案成立により各方面との調整を円滑に地域課題に応えられることへの期待を述べました。竹谷とし子委員（賛成）は、「国としての実施体制強化のためにナショナルセンターとして機構を新設する法案に明示的に賛成」と述べました。一方、井上哲士委員（反対）は、機構設立によって女性教育が後景に追いやられジェンダー教育の後退と国際貢献の低下をもたらすと批判しました。大島九州男委員（反対）は、機能強化の具体的企画も予算確保の見通しもないとして、「天下りポスト維持のためではないか」との懸念を示し反対しました。片山大介委員（反対）は、「ＮＷＥＣの検証が不十分で看板の掛け替えにすぎない」「独立行政法人でなければできない業務ではない」として反対し、施行後三年以内に独法存続の適否を含めた見直しを求める修正案を提出しましたが否決されました。最終的に、法案は多数をもって可決され、附帯決議も多数で採択されました。

法案は、女性活躍推進体制の強化・地域センターへの支援・女性の経済的自立促進を柱とする賛成論が多数を占め可決されたが、女性教育・ジェンダー教育の後退懸念や機構新設の合理的根拠の欠如、予算確保の不透明さを指摘する反対意見も根強かった。日本維新の会提出の施行後三年以内の組織存続見直し条項を加える修正案は否決され、自民・立憲・公明・維新・国民の各派共同提案による附帯決議が多数で採択された。