常時使用労働者三百人以下の中小企業については体制整備が努力義務にとどまることを踏まえ、支援策についての質疑が行われました。高橋次郎委員（賛成寄り）は、中小企業で働く労働者の保護が手薄になるリスクを指摘し、分かりやすいガイドライン提供・相談窓口設置支援・共同窓口システム構築・研修機会提供などの具体的支援策を求めました。政府参考人（藤本氏）は、導入支援キットの提供や共同窓口の受皿検討、業種・規模等に応じたきめ細やかな対応を検討していくと応答しました。田村まみ委員（賛成寄り）は、三百人以下の義務化見送りを問題視しつつ、産業特性に応じた体制整備の在り方を消費者庁が業所管省庁に働きかけるよう求めました。伊東良孝大臣（賛成寄り）は、業種別傾向の分析と業所管省庁・業界団体との連携による周知を検討すると述べました。

公益通報を理由とする不利益取扱いの立証責任の在り方について多くの議員から意見が出されました。伊東大臣（反対寄り）および政府参考人（藤本氏）は、改正法により公益通報後一年以内の解雇・懲戒については事業者に立証責任を転換すると説明しつつ、配置転換への立証責任転換については「我が国では人事異動が頻繁に行われており、公益通報を理由とするものと推定する規定を設けることは適切ではない」と否定的見解を示しました。古庄玄知委員（賛成寄り）は「裁判まで行き着いた時点では労働者は負けている」と述べ、裁判前提の保護では不十分と指摘しました。大椿ゆうこ委員（賛成寄り）は、配置転換についても事業者側への立証責任転換と刑事罰導入を検討すべきと主張しました。田村まみ委員（賛成寄り）は、労働法制との平仄ではなく消費者庁が議論を先導すべきと主張しました。

解雇・懲戒に加え、配置転換や嫌がらせといった不利益取扱いをいかに防止するかが本委員会の中心的論点の一つとなりました。大椿ゆうこ委員（賛成寄り）は、配置転換禁止の強化と罰則適用を強く主張し、「今回の法改正では不十分」と批判しました。大門実紀史委員（賛成寄り）は、外資系製薬会社通報者の事例を挙げ、通報前後で業務付与時間が著しく変化した事実を示し、「実態を調査すれば嫌がらせかどうかは明らか」として配置転換・嫌がらせへの刑事罰導入を主張しました。松沢成文委員（賛成寄り）は、付加金・報奨金制度の導入によって経済的不利益を補填し通報へのインセンティブを高めるべきと主張しました。田村まみ委員（賛成寄り）は、配置転換を主とした不利益取扱い防止が法律の焦点と述べ強化を求めました。政府参考人（藤本氏）は、配置転換について「不利益性の客観的明確性が低く罰則対象とすることは困難」とする立場を維持しつつ、法定指針に禁止行為として明示し周知徹底する方針を示しました。

公益通報者保護制度全体の実効性向上に向けた課題と対応策が幅広く議論されました。伊東大臣（賛成寄り）は、今回の法改正により「不利益取扱いの抑止・救済が強化され保護されやすくなる」と評価しつつ、施行後の状況を注視していく考えを示しました。大椿ゆうこ委員（賛成寄り）は、検討会委員や今後のヒアリングに当事者を参加させることを強く求めました。大門実紀史委員（賛成寄り）は、刑事罰こそが裁判以前の抑止力として不可欠と主張しました。松沢成文委員（賛成寄り）は、改正法の施行を一刻も早く実現すること、および通報者を検討会に入れることを求めました。田村まみ委員（賛成寄り）は「労働者が使えない・守られない法律」との批判を踏まえ実効性向上を求め、大臣から今後の実態把握と取組強化の答弁を得ました。高橋次郎委員（賛成寄り）は、施行後に通報件数や是正措置実施率などの客観的指標を設定し実効性を検証するよう求めました。

兵庫県において元県民局長の私的情報が県議らに漏えいされた問題について質疑が行われました。大椿ゆうこ委員（反対寄り）は、消費者庁が技術的助言を発出した後も齋藤元彦知事が従来の立場を崩していないことを問題視し、「助言を受けたなら過ちを認めるのが普通の知事」と述べ次の対応を求めました。政府参考人（藤本氏）は、兵庫県が「法の趣旨に沿って対応していきたい」と発言したとして、同じ内容でさらなる措置をとることは現時点で検討していないと回答しました。大門実紀史委員（反対寄り）は、知事・副知事が個人情報漏えいを指示した疑いについて地方公務員法第六十二条違反の可能性を指摘し消費者庁に調査介入を求めましたが、政府参考人は「国及び地方公共団体に対して行政処分権限は適用されず、技術的助言の範囲を超えることは難しい」と回答しました。松沢成文委員（反対寄り）は、漏えいを「告発者潰しを狙った行為」と批判し、刑事告発も検討すべきと主張しました。

後発医薬品メーカーにおける製造不正の事例を取り上げ、内部通報体制の整備が製造不正の防止と医薬品の安定供給に不可欠との観点から議論が行われました。田村まみ委員（賛成寄り）は、二〇二一年に発覚した後発医薬品メーカーの品質検査不正について「内部通報機能が適切に機能していなかった」との県の薬事審議会専門部会の指摘を紹介し、企業規模を問わず内部通報体制整備を後発品の安定供給に係る企業指標評価に盛り込むべきと求めました。政府参考人（森真弘氏）は、指標の見直しに当たって「安定供給できる企業の評価指標として適切かどうか」「法令上の義務を指標とすることの妥当性」などを踏まえて検討していくと回答しました。田村委員は、製造不正に関する二号通報窓口のさらなる周知と消費者庁の総合窓口の活用促進を求めました。

二〇二三年度調査で従業員三百人以下の市町村の五〇・九％が内部通報窓口を未設置との結果を踏まえ、設置促進のあり方が議論されました。伊東大臣（賛成寄り）は、義務対象の全市町村については既に窓口設置済みを確認済みとし、努力義務対象については好事例の収集・情報提供を通じて設置を促していく考えを示しました。大椿ゆうこ委員（賛成寄り）は、行政機関の特性や住民からの通報受付機能を踏まえ、従業員数を問わず全地方公共団体で設置率一〇〇％を目指すべきと主張しました。

内部通報対応業務に従事する者の守秘義務と関連罰則について確認・質疑が行われました。大椿ゆうこ委員（賛成寄り）は、民間事業者内で通報者探索を教唆したり漏えいを促す行為が本法で規制されるか確認し、政府参考人（藤本氏）は「従事者の守秘義務違反を教唆した場合、本法に定める従事者の守秘義務違反の教唆犯が成立し得る」と回答し制度強化を支持しました。高橋次郎委員（賛成寄り）は、守秘義務の徹底や客観・公正な調査手法の習得など従事者の専門性向上のための研修標準化や資格制度導入を求めました。政府参考人は、従事者向け研修動画の提供や今後の実態調査・説明会開催など専門性向上に向けた支援策を検討すると回答しました。

公益通報者のプライバシー情報の保護と漏えい防止策について多角的な質疑が行われました。古庄玄知委員（賛成寄り）は、「意図的な犯人捜しをせずとも情報が漏れる危険がある」と指摘し、通報者が特定されることへの恐れが通報抑止につながると問題提起しました。政府参考人（藤本氏）は、従事者への罰則付き守秘義務、法定指針による情報共有範囲の最小化、今回改正による従事者指定義務違反への命令・罰則導入によって体制強化を図ると回答しました。大椿ゆうこ委員（賛成寄り）は、通報者プライバシー情報の探索・漏えいが不利益取扱いに該当することを確認し防止を求め、政府参考人がこれを肯定しました。大門実紀史委員（反対寄り）は、兵庫県での個人情報漏えいは悪質な事実隠蔽行為と批判し消費者庁に調査介入を求めました。高橋次郎委員（賛成寄り）は、匿名通報の保護と秘密保持体制整備の重要性を確認しました。

法律案は全会一致で可決され、配置転換への立証責任転換・刑事罰適用の検討、中小企業の体制整備義務拡大の検討、当事者ヒアリングの実施等を求める附帯決議も全会一致で採択された。今回の改正で解雇・懲戒への刑事罰導入や立証責任転換が実現した一方、配置転換・嫌がらせへの罰則適用や経済的インセンティブ制度の創設は引き続き次回改正に向けた課題として残された。