デュアルユース技術に関する学術会議の立場と研究インテグリティーについて議論された。相川哲也政府参考人は、当時の梶田会長名での令和4年7月の見解として「従来のようにデュアルユースとそうでないものとに単純に二分することはもはや困難」との認識が示されたことを説明した。平沼正二郎委員は、インターネットやGPS等の軍事起源技術が民生に転用された例を挙げ、「研究分野を防衛に関して切り分けるのはほぼ不可能」として、学術会議のスタンス転換の必要性を主張した。緒方林太郎委員の質問に対し、福田護参考人は「デュアルユース自体は分離できない問題」としつつ、「防衛目的への過度な強調については十分な議論が必要」と述べた。坂井学国務大臣は、令和5年9月に学術会議が研究インテグリティーに関する見解をまとめたことを踏まえ、大学等の研究現場での研究推進と研究力向上を期待すると述べた。

日本学術会議が2021年4月の総会で示したナショナルアカデミーの五要件（学術的に国を代表する機関としての地位、公的資格の付与、国家財政支出による安定した財政基盤、活動面での政府からの独立、会員選考における自主性・独立性）と、今回の法案との整合性が主要な論点となった。梶田参考人は「少なくとも三つか四つについて懸念を表明せざるを得ない」と述べ、特に政府からの独立と会員選考の自主性に大きな懸念を示し、法案の再検討を強く求めた。福田参考人は「独立性の徹底という立法目的は立法事実たり得ない」と指摘した。一方、永田参考人は「財政の基盤的部分を政府に頼るという前提であれば、ほぼ認められる」と評価し、五要件は基本的に充足されているとの見解を示した。政府（笹川参考人）は、法人化によって組織面での独立性が明確になり、総理による会員任命がなくなることで五要件の充足度が高まると説明した。

学術会議の事務局機能強化と職員の独立性について議論された。梶田参考人は、自身がまとめた「より良い役割発揮に向けて」の中で事務局機能の強化をナショナルアカデミーとして取り組むべき課題として挙げていると説明した。上村英明委員の質問に対し、福田参考人は、事務局職員の充実のためには財政的充実が必要であり、現状の約10億円では期待される学術会議の在り方を満たすものではないと述べ、財政面での対応が不十分だとの見解を示した。なお、事務局職員の現状として、内閣府職員38名、文科省からの出向4名等で構成されているとの説明があった。笹川政府参考人は、法人化後は事務局に専門人材を登用できるようになり機能強化が可能になると説明した。

会員の定年を現行の70歳から75歳に延長し、任期延長を一回に限り可能とする制度変更について議論された。梶田参考人は、この点について直接的な賛否を示さず、法案の会員選考プロセス全体への懸念を改めて述べた。笹川政府参考人は、現行の「任期6年・再任不可・70歳定年」の制度では優秀な人材が若いときに一度会員になった後は再びなれないという問題が生じていたことや、国際的な活動の継続性確保のために見直しが必要であったと説明した。また、再任については、複数回の繰り返しを避けるため一回に限定したと説明した。

会員選考においてコオプテーション方式（会員が次の会員を選ぶ方式）を維持するか、外部意見を取り入れるかという論点が議論された。梶田参考人は、「新法人発足時にコオプテーション方式が基本的に排除されていることに深い懸念を持っている」と述べた。福田参考人も同様に、新法人発足時にコオプテーション方式が排除され、現会員の推薦権が否定されていることを問題として指摘した。一方、永田参考人は「法案の会員選任方式は、より学術会議の自主性・自律性が高まる」と評価し、会員候補者選定委員会がダイバーシティ担保のために必要な組織であるとの見解を示した。笹川政府参考人は、総理による任命がなくなる点でむしろコオプテーションが徹底されるとし、選定助言委員会はコオプテーションをよりよく機能させるための環境整備だと説明した。

選定助言委員会の設置が会員選考の自主性・自律性に与える影響について議論された。梶田参考人は、「五人以上七人以内で組織される選定助言委員会という限られた委員からの意見を聞くとされており、本当に幅広い意見を吸い上げることができるのか、偏りが生じないか懸念がある」と述べた。福田参考人は、「法文に制約が書かれると事実上の拘束力を持ち、学術会議全体に大きな影響が出る」と指摘した。山登志浩委員の質問に対し福田参考人は、法律に記載された要件は事実上の拘束力を持つとして影響は大きいと答えた。笹川政府参考人は、委員は学術会議が選ぶ上に意見に拘束力はなく、選考内容に介入するような運用は許されないと説明した。

会員選考の透明性を確保するための選定助言委員会の役割について議論された。梶田参考人は、「現在の選考の仕組みは始まったばかりであり、効果を見た上で考えることも可能」であるとし、「なぜ今やっていることを否定して法定する必要があるのか」と疑問を示した。永田参考人は、会員候補者選定委員会はダイバーシティを担保するために必要な組織であり、会員以外からも幅広く推薦を受ける仕組みは透明性確保に資するとして法案を評価した。笹川政府参考人は、選定方針の作成と選考過程を公開することで客観性・透明性を高める制度設計になっていると説明した。

法人化によって政府から独立することが、学術会議の提言の信頼性と実効性を高めるかどうかが議論された。有本参考人は、「法人化により先進国と同様に自律的に活動できるようになり、国際的なアカデミーに近づく」と賛成の立場を表明した。永田参考人も、「国の支えはあってしかるべきだが、独自の財源で自分たちの自由を守っていくことが研究者・学者の基本的な態度」として法人化に賛成した。梶田参考人は、「法人化自体の賛否はどちらでもよく、ナショナルアカデミーの五要件充足と機能強化が重要」と述べ、法人化の形態そのものには特定の立場を取らなかった。笹川政府参考人は、政府の機関であることを脱することで「政府に遠慮しているのではないか」という疑念がなくなり、提言の信頼性が高まると説明した。

現行法の前文にある「科学者の総意の下」「わが国の平和的復興」等の文言が法案では削除されることについて議論された。梶田参考人は、「現行法の前文はまさにこの使命を読んで会員として・会長として仕事をしてきた」とし、「科学者の総意の下という文言が消えており、そう言えない組織が学術会議と言えるのか懸念がある」と述べた。永田参考人は逆に、「現行法では国民・福祉という視点が中心になっていないことが欠点であった」とし、「今次法案の前文は、社会とともに・国民という視点が加わっており非常によくできている」と高く評価した。坂井大臣は、「平和的復興」等の表現を現代的視点から捉え直し「経済社会の健全な発展」等の普遍的な表現に改めたものであり、独立性に関する規定がないのは法制的な理由によると説明した。

憲法第23条が保障する学問の自由と、学術会議の独立性との関係について議論された。梶田参考人は、「学術会議への学問の自由の侵害は日本の学問の自由全体への波及効果をもたらす」と述べ、国際学術会議から日本政府の干渉試みへの深い懸念が表明されたことも紹介した。福田参考人（日弁連）は、選定助言委員会・運営助言委員会・監事・評価委員会による幾重もの制約が「学術会議の自由な判断の余地を狭め、憲法23条が保障する学問の自由を脅かしかねない」と指摘した。笹川政府参考人は、「この法律は政府の不当な介入を許容するものではない」と説明した。

学術会議の広報・アウトリーチ機能の強化と、国民への活動成果の周知について議論された。有本参考人は、「法人化により社会課題への助言やアウトリーチを戦略的・弾力的に行えるようになる」と主張した。笹川政府参考人は、法案に「学術に関する国民の関心及び理解の増進」を業務として明記したことや、運営助言委員会を活用した広報専門家のサポート、事務局への専門人材登用等の制度設計について説明した。懇談会でも学術会議のビジビリティーの低さが課題として指摘されていたことが紹介された。

今回の法案で目的規定に「社会の課題の解決に寄与する」が追加されたことについて議論された。有本参考人は、「社会課題解決はアカデミーの重要な役割であり、法人化でその機能強化が可能になる」と賛意を示した。永田参考人も、「国民・社会の観点が加わった今次法案の基本理念に大いに賛同する」と述べた。坂井大臣は、気候変動・人口減少・新興感染症・AI等の分野で学術的知見の活用への期待が高まっているとし、これらの社会課題解決への貢献を期待すると説明した。笹川政府参考人は、懇談会で現行法の目的規定に「国民・社会」という視点が欠けているとの指摘があったことを背景として説明した。

政府と学術会議の連携強化とコミュニケーション体制のあり方について議論された。有本参考人は、「法人化後、学術会議・行政・国会が敵対せずに一体となってよい学術会議を作るべき」とし、運用が重要だと強調した。梶田参考人は、「より良い役割発揮に向けて」の中で、対話を通じた情報発信力の強化をナショナルアカデミーの機能強化課題として挙げていると説明した。笹川政府参考人は、提言の実効性を高めるためには政府・産業界・社会との問題認識の共有が必要であり、これはアカデミーの独立性とそごを来すものではないと述べた。坂井大臣も、今後も丁寧な対話を続けながら信頼関係を築き、社会課題解決に結びつけていきたいと述べた。

新法人発足時に特別な候補者選考委員会を設けて会員を選考する方式と、コオプテーション方式の排除について議論された。梶田参考人は、「発足時に特別な選考を行わなければならない理由はなく、極めて不自然」と指摘し、「コオプテーション方式ではない選考方式に深い懸念を持っている」と述べた。福田参考人は、「候補者選考委員会の委員を内閣総理大臣が指定する者と協議して決定できる」「現行会員の推薦権が否定されている」と指摘し、これを「異例な規定」と批判した。笹川政府参考人は、四十名の定員増や融合分野への対応を考えると現会員だけでは必要十分な選考が難しいとし、現会員が候補者選考委員会の委員になることや総会承認の手続を設けることでコオプテーションの要請を入れたと説明した。

新法人発足時の特別な選考方法が人的継続性の確保にどう影響するかについて議論された。梶田参考人は、「発足時に特別な選考を行わなければならない理由はなく不自然」と懸念を示した。福田参考人は、「発足三年後の会員選任において、発足時と同じ候補者選考委員会の委員が当たることが規定されており、承継会員は再任されないため連続性が遮断される」と批判した。笹川政府参考人は、発足時に任期が残っている「承継会員」が新法人でも引き続き会員となること、任期が切れた元会員も定年等に該当しなければ新会員になれることを挙げ、「組織としての継続性は十分に担保されている」と反論した。河西宏一委員の質問に対しては、現会員が候補者選考委員会委員・総会承認・設立委員の三つの場面で関与できるという「三重のコミット」があると説明した。

法人化が日本学術会議の独立性・自律性を高めるか、それとも損なうかについて参考人間で議論が交わされた。有本参考人は、「法人化により先進国のアカデミーと同様に自律的・戦略的に活動できるようになる」と賛成した。永田参考人は、「特殊法人という形態自体が独立性を包含しており、法人化に賛成」と述べた。梶田参考人は、「法人化自体の賛否より五要件充足と機能強化が重要であり、現法案は懸念が多い」とし、国から独立することによって国からの管理がむしろ広く厳しくなるという感覚的な懸念も示した。福田参考人は、「この法案の内容による法人化は独立性・自律性を侵害し学問の自由を脅かすため反対」と明確に述べた。

法人化による機能強化の可能性と独立性・自律性の確保の両立について議論された。有本参考人は、「法人化により戦略的・弾力的な国際連携や若手育成が可能になる」とし、国の機関としての制約（予算・経理・タイムリーな対応の困難さ等）が解消されることに期待を示した。永田参考人も、「法人化で国際的なアカデミーに近づき、独自財源で自由を守ることが研究者の基本的態度」と賛成した。梶田参考人は、「法人化の形態は問わないが現法案はナショナルアカデミーの機能強化に資するか懸念が拭えない」と述べた。福田参考人は、「この法案内容の法人化は独立性・自律性を侵害し学問の自由を脅かすため反対」との立場を繰り返し表明した。

法人化による財政基盤の多様化と、国費への依存の在り方について議論された。有本参考人は、「公的資金を基盤としつつ民間寄附等により財源多様化を進めることが重要」とし、法人化によって外部資金の獲得が可能になることを支持した。梶田参考人は、「補助金では必要性の判断が政府の大きな裁量となるため、安定した財政基盤への懸念がある」と指摘した。永田参考人は、「基盤的活動維持は政府に頼り、それ以外は自己資金として獲得すべき」との方向性を示した。笹川政府参考人は、交付金ではなく補助金の形態になったのは、学術会議側が独法のような中期計画の認可を嫌ったためであると説明し、補助金の交付要綱については学術会議の自律性に配慮した設計を行う意向を示した。

総理大臣が任命する監事と評価委員会の設置が、学術会議の独立性に与える影響について議論された。梶田参考人は、「総理大臣任命の監事はそれなりの影響力を持ち、会員の互選で選ばれた会長と比較して懸念が拭えない」と述べ、また法案中の多くの罰則規定が会員の萎縮につながる恐れがあるとも指摘した。永田参考人は、「監事は独立した第三者として適切な機関であり、今次の法文の内容でよい」と評価した。福田参考人は、「選定助言委員会・運営助言委員会・監事・評価委員会という四つの機関による幾重もの縛りは極めて異例であり、想像力を働かせれば働かせるほど厳しいと感じる」と強い違和感を示した。

選定助言委員会・運営助言委員会・監事・評価委員会という複数の監督機関の設置と、学術会議の独立性への影響について議論された。梶田参考人は、「監事の権限が強く、また罰則規定も会員の萎縮に働くおそれがある」と懸念を示した。永田参考人は、「監事は学術会議から独立して監事業務を行える権限と資格を与えるものであり適切」とし、監事が運営内容に口を出すことは失格だと述べた。福田参考人は、「このような幾重もの機関設置は他の法律に例を見ない」とし、監事が総理大臣に直訴できるような規定にも強い違和感を示した。緒方林太郎委員の質問に対し、梶田・福田両参考人は萎縮効果の可能性を肯定し、永田・有本両参考人はそうした運用は許されないとの立場を示した。

現在の学術会議には立法府への科学的助言のチャンネルがないという課題と、法人化によってその機能を創設することの意義について議論された。有本参考人は、「法人化により立法府への助言など社会課題解決に向けたダイナミックな活動が可能になる」と主張した。梶田参考人は、「立法府への提言機能は非常に重要であり、現在は国の機関というたてつけ上できないが、法人化すれば可能となる。是非、法文に明記してほしい」と述べた。田中健委員の質問に対し梶田参考人は、「2021年から立法府への提言機能の重要性を認識しており、現在の法案にはそれが一切書かれていないことが残念」と述べ、国会での審議による明記を求めた。

若手科学者の参画機会確保とダイバーシティーの確保について議論された。有本参考人は、「法人化により若手支援強化や外国人会員登用など多様な人材の選任が可能になる」と述べ、海外アカデミーが若手を戦略的に育成している事例も紹介した。梶田参考人は、「第25期学術会議では若手アカデミーを組織し、若手の意見を取り入れる取組を続けている」として、若手参画の重要性を支持した。笹川政府参考人は、会員の定員を40名増やしたこと、選定方針にダイバーシティー（年齢・ジェンダー・所属機関・地域・専門分野のバランス）への配慮を書くことを条文で定めていることを説明した。

補助金方式による財政基盤の在り方と、自主財源確保の必要性について議論された。有本参考人は、「公的資金を基盤としつつ民間寄附など財源多様化を努力することが重要」と支持し、上野の科学博物館のクラウドファンディング成功例なども挙げた。梶田参考人は、「補助金では必要性の判断が政府の大きな裁量となり、安定した財政基盤への懸念がある」と述べた。永田参考人は、「基盤的活動の維持は政府費で行い、それ以外は自己資金を獲得すべきという方向性に賛同する」とした。笹川政府参考人は、交付金ではなく補助金になった経緯として、学術会議側が独法のような中期計画の認可を避けることを希望したためであると説明し、補助金の交付要綱において自律性に配慮した設計を行う意向を示した。

参考人4名のうち永田・有本両氏は法人化に賛成し機能強化の観点から評価した一方、梶田氏はナショナルアカデミーの五要件充足への懸念から法案の再検討を求め、福田氏（日弁連）は独立性・自律性の侵害と立法事実の欠如を理由に明確に反対した。政府側は法人化によって独立性が高まると説明し、会員選考の自律性や財政支援の継続を強調したが、会員選考のコオプテーション方式の扱い、監督機関の多重設置、立法事実の問題等については依然として学術会議側との認識の差が残ったまま審議が継続された。