配置転換への対応と立証責任の転換が主要な論点となりました。石川香織委員（賛成寄り）は修正案の趣旨説明において、消費者庁アンケートで解雇・懲戒より配置転換・人事評価上の減点が多いことを指摘し、不当な配置転換を解雇等特定不利益取扱いに加える修正案を提出しました。尾辻かな子委員（賛成寄り）は製薬会社の小林氏の事例を挙げ、「配置転換について立証責任の転換をしっかり図らなければいけない」と主張し、現行改正案の不十分さを批判しました。伊東良孝大臣（中立）は「配置転換の立証は難しい苦しいところがある」と認めつつも、配置転換を含む不利益取扱いは現行法で禁止されており、法定指針への明示と周知徹底で対応するとし、立証責任転換には消極的な姿勢を示しました。

内部通報窓口の独立性確保と従事者の守秘義務について議論されました。松田功委員（賛成寄り）は兵庫県や大手中古車販売店の事案を例示し、現行法定指針の独立性確保の規定が「この程度の義務規定で独立した窓口が厳格に整備されるとは到底思えない」と指摘し、従事者の守秘義務・範囲外共有禁止・探索禁止を法定指針に明確に示すよう求めました。伊東良孝大臣（中立）は現行指針にも独立性確保の規定があると説明しつつ、「独立性の確保を含めた事業者における公益通報対応業務の運用については、その実態を踏まえ、法定指針の見直しを含め必要な対応を今後検討する」と答弁しました。尾辻かな子委員（賛成寄り）は、内部通報を受けた弁護士事務所が後に会社の訴訟代理人となった事案を問題視し、消費者庁による指導を求め、政府参考人は指針違反に対して指導権限があると回答しました。

制度全体の実効性について多角的な議論が行われました。尾辻かな子委員（反対寄り）は、2006年施行以来、裁判で公益通報者保護が認められた件数が僅か3件であることを示し、「G20ハイレベル原則を満たせていない点がある」と主張しました。また、解雇・懲戒への刑事罰導入が配置転換や嫌がらせの促進に転じる懸念を示し、間接罰制度の導入が検討されなかった点を批判しました。伊東良孝大臣（賛成寄り）は3件について「少ないのではないか」と認めつつ、「今回の法改正は公益通報者保護制度を大幅に見直すものであり、周知啓発強化・法執行体制強化により実効性が向上する」と答弁しました。松田功委員（中立）は制度の実効性確保が重要と述べつつ、「こんなに規制の弱い改正案では事業者の怠慢で何ら対策さえ取られないケースも出てくるのではないか」と懸念を示しました。石川香織委員（賛成寄り）は修正案として、検討規定を施行後5年から3年に短縮し、通報対象範囲の抜本的見直し等5項目を検討事項として明記することを提案しました。

通報妨害・通報者探索の禁止規定における「正当な理由」の解釈と法定指針への規定の在り方について議論されました。松田功委員（賛成寄り）は「正当な理由の解釈によっては潜脱行為が行われ禁止規定の実効性が損なわれる」と指摘し、「極めて限定的な場合に限り法定指針に規定し、その解釈も詳細に示す必要がある」と主張しました。伊東良孝大臣（賛成寄り）は「禁止規定の実効性を確保する観点から、正当な理由は例外的かつ限定的な場合にとどめるべき」と明言し、具体例として通報妨害にならない場合と通報者探索にならない場合をそれぞれ示した上で、逐条解説やQ&Aによる明確化を図ると答弁しました。石川香織委員（賛成寄り）は修正案において、通報妨害・通報者探索の禁止に関する法定指針の策定義務を法律上に明記することを提案しました。

改正案本体に対しては与野党ともに制度強化の方向性を評価しつつ、配置転換への立証責任転換の欠如、裁判認定3件という実効性の低さ、法定指針の不明確さ、間接罰未導入など課題を指摘する声が相次いだ。政府は法執行体制強化・周知啓発の充実・法定指針の早期見直しで対応する方針を示したが、野党側からは対応が不十分との批判が示され、修正案は立証責任転換や検討規定の短縮など更なる保護強化を求める内容として提出された。