上田清司議員（中立寄り）は資料を示し、産業投資全体の誘発効果の大部分が日本政策投資銀行に偏在しており、クールジャパン機構やJOINは呼び水効果が薄く累積損失も大きいとして「絞り込みが必要ではないか」と指摘した。加藤勝信大臣（賛成寄り）は「民間のみで負うことの難しいリスクを負担できる産業投資の役割は高まっている」と積極的に評価しつつ、定期的な検証と改善の必要性を認めた。小池晃議員（反対寄り）は「呼び水どころか大量の公的資金を投入して民間はごく僅か」と批判し、ラピダス出資企業8社の出資総額73億円に対し内部留保は73兆円に上ると指摘した。杉久武議員（賛成寄り）は民間では難しい事業へのリスクマネー供給に意義があると評価した。浅田均議員（中立）はリスクマネー供給の必要性は共通認識としながらも、透明性不足と国民・議員の監視が届かない現状を批判した。

杉久武議員が一般会計から投資勘定への繰入れ対象経費を危機対応業務に限定する理由を確認した。政府参考人（窪田修）は、投資財源資金の財源留保・借入れにより投資勘定の財務的自立性が強化されること、区分経理明確化の観点から限定する旨を説明した。杉議員（賛成寄り）は「モラルハザードにつながる安易な繰入れは厳に慎むべき」との意図を支持した。熊谷裕人議員（反対寄り）は、歳入を大幅に超える資金需要が生じた場合にはその都度一般会計から繰り入れるべきであり、「産業投資はその年度の配当金・納付金の範囲で行うことを基本とすべき」と述べ、留保制度創設に反対した。

小池晃議員（反対寄り）は、ラピダスへの公的資金投入額が1.7兆円以上に上る一方、出資企業8社の出資総額は73億円にすぎず、それら企業の内部留保合計は73兆円に達すると指摘し、「半導体産業への対応は関連大手企業の責任と負担を基本にすべき」と主張した。加藤勝信大臣（賛成寄り）は、経済安全保障上の課題や各国の公的資金投入の動向、民間投資がいまだ十分でない状況を踏まえ、「民間の予見可能性を高め、半導体分野への民間投資を促進することが重要」と支持した。船橋利実議員（中立）は、本法案は半導体支援を念頭に置いたものではなく情報処理促進法等の改正案と独立した別の法案であることを確認した。

本法案の中核的論点として多くの委員が議論した。加藤勝信大臣・窪田修政府参考人（賛成）は、産業投資の財源（NTT株等配当）が過去10年で年間4,282億円から8,871億円まで大きく変動する中、歳入に余裕がある年度に投資財源資金へ留保し、不足時には借入れを行うことで安定的・機動的なリスクマネー供給を可能にすると説明。留保上限の目安を当面1,500億円程度、借入期間は最大10年（財政融資資金から）とする運用方針も示した。船橋利実・杉久武・上田清司議員は概ね支持した。一方、小池晃議員（反対）は「会計年度独立の原則に反し、損失を出した投資勘定の拡大につながる」と批判。熊谷裕人議員（反対）は「特別会計改革の理念に反し、一般会計への資金還流を難しくする」として反対した。梅村みずほ議員（懸念）は「ガバナンス強化・運営改善が前提とされるべきで、財源確保が先行している」と懸念を示した。浅田均議員（反対）は財政リスクを分かりにくくし財政規律を緩める方向だとして反対した。

複数の委員がJOINの損失問題を取り上げた。政府参考人（飯塚秋成）は、令和5年度決算でテキサス高速鉄道事業・ミャンマー都市開発事業等の損失処理により約799億円の当期純損失を計上し、累積損失が約955億円に上ることを説明。小池晃議員（反対寄り）はテキサス高速鉄道への投資総額が約417億円（出資約47億円、社債引受約360億円）に及び、「当初出資額の8倍を追加出資して破綻した国策事業であり政府の責任は極めて重大」と批判した。上田清司議員（反対寄り）は「鉄道事業経験のない相手への投資であり主管官庁の監視不足」を批判した。加藤大臣（中立）は損失を「大変遺憾」としながらも、財務省の関与は財源提供の立場からとし、主務省庁・JOINによる改善策の進捗を見極めながら対応すると表明した。窪田政府参考人は主務省庁との連携強化・モニタリング高度化に取り組むと説明した。

加藤勝信大臣（賛成寄り）は、平成28年・令和3年の行革推進会議フォローアップで投資勘定の存続必要性が確認されており、今回の改正も特別会計改革の方針と整合的に節度・透明性を持った形で進めると主張した。小池晃議員（反対寄り）は「財投投資勘定の廃止も含む抜本的見直しが必要であり、拡大に反対する」と主張し、来年が特会の存廃を含む見直しの年にあたると指摘した。梅村みずほ議員（中立）は特会改革の姿勢を堅持すべきとしつつ、運営改善・ガバナンス強化が前提とされるべきとの懸念を示した。浅田均議員（反対寄り）は「資本主義社会では民間がリスクマネーを担うべき」として投資勘定拡大に反対した。熊谷裕人議員（反対寄り）は「今回の法改正は特別会計改革の理念・過去の改革の流れに逆行する」と批判した。

加藤勝信大臣（賛成）は、ポートフォリオ管理体制整備・産投機関連携強化・モニタリング高度化をガバナンス強化策として挙げ、令和6年12月に関係省庁実務者連絡会議を設置したこと、令和7年度から担当職員の増員・外部コンサルタント活用にも取り組む旨を表明した。窪田修政府参考人（賛成）は財投分科会の指摘を踏まえ建設的対話の実施・大型案件のヒアリング・実地監査などの取組を開始していると説明した。梅村みずほ議員（反対寄り）は「ガバナンス強化・運営改善は財源確保より先に取り組むべき前提であり、それが示されないまま法改正が進んでいる」と批判した。熊谷裕人議員（反対寄り）も同様に「ガバナンス強化が前提とされているにもかかわらず財源面が先行している」と批判した。

船橋利実議員の質問に対し、窪田修政府参考人は昭和28年以来の産業投資の累計損益について、令和5年度末時点で出資金残高約7.2兆円に対し評価額約18.1兆円（評価益約10.9兆円）、配当・納付金等の収益累計約8.3兆円、損益累計約7.8兆円の黒字と説明した。上田清司議員（中立）は資料を示し、呼び水効果や収益が日本政策投資銀行等に偏在しており成果を出せない機構は絞り込みが必要と主張した。加藤大臣（賛成寄り）はポートフォリオ管理体制整備を進めつつ定期的検証と改善の必要性を認めた。船橋議員（賛成寄り）は個別案件の損失はあり得るがポートフォリオ全体で適切に収益を上げることが必要と述べた。

梅村みずほ議員（反対寄り）は、脱炭素化支援機構の投資先について投資先名は公表されているものの支援決定金額が非公表となっており、「国民チェックができない」として情報開示を強く求めた。環境省政府参考人（大森恵子）は、今後の案件について原則支援決定金額を開示する方向で機構に強く働きかけているとし、引き続き適切に指導監督すると説明した。梅村議員はこの回答を受けつつも、開示が実現しない限り適切な投資が行われているか国民がチェックできないとして、引き続き対応を求めた。

質疑では、JOINやクールジャパン機構の巨額累積損失を踏まえたガバナンス強化・透明性確保の要求が与野党双方から相次いだ。法案は賛成多数で可決されたが、特別会計改革の理念との整合性や会計年度独立原則への影響を懸念する立憲民主党・共産党・維新の会は反対票を投じ、採決後は情報開示の徹底・資金規模の適正化・官民ファンドのガバナンス強化等を求める附帯決議が多数をもって採択された。