日本学術会議法案の審議において、政府による学術への介入と学問の自由の関係が主要な争点となりました。井上哲士議員（日本共産党、反対寄り）は「科学者コミュニティーへの政府の介入は、学問の自由を乱暴に踏みにじるものです」と強く批判し、科学者集団の自律的な規律こそが学問の自由の基盤であると主張しました。石川大我議員（立憲民主・社民・無所属、反対寄り）は「アカデミアへの政府の介入は民主主義の自殺行為」と断じ、トランプ政権によるハーバード大学への圧力との類似性を指摘しました。坂井学国務大臣（賛成寄り）は「この法案は、独立性、自律性を抜本的に高めることによる学術会議の機能強化と説明責任の担保を図るものであり、アカデミーとしての自由な活動を阻害するようなものではありません」と反論しました。

本法案が定める監事・日本学術会議評価委員会・選定助言委員会等の仕組みをめぐり、政府関与の程度について活発な議論が交わされました。井上哲士議員（日本共産党、反対寄り）は「幾重にも政府や学術会議外の者が介入する仕組みを定めている」として、独立性が高まるとする政府説明を否定しました。石川大我議員（立憲民主・社民・無所属、反対寄り）は「評価委員会・監事等の仕組みが政府の学術会議への管理・監視を強化する」と批判しました。竹詰仁議員（国民民主党・新緑風会、反対寄り）は「特殊法人化して形式的には独立性を高めているように見えますが、実質的には政府の関与が現行学術会議よりも強化される」と懸念を示しました。柴田巧議員（日本維新の会、中立）は監事・評価委員会について財政民主主義の観点から必要最小限とみつつも、独立性確保との両立の困難さも指摘しました。坂井大臣は「監事や日本学術会議評価委員会は、法人の適法、適正な運営の確保や国民に対する説明責任の観点から設けているものであり、政府による不当な介入を許容するものではありません」と説明しました。

法案が定める会員選考の新方式について、現行のコオプテーション方式との関係が論点となりました。井上哲士議員（日本共産党、反対寄り）は、選定助言委員会が選定方針に意見を述べる仕組みは「コオプテーション方式とは相入れない」と批判し、現会員が次期会員を選任する現行方式の維持を主張しました。石川大我議員（立憲民主・社民・無所属、反対寄り）は新法人発足時の候補者選考委員会方式の必要性に疑問を呈し、コオプテーション方式の優位性を示唆しました。柴田巧議員（日本維新の会、賛成寄り）は会員選任理由の公表義務化を求め、「現行のブラックボックス状態」を批判しました。坂井大臣（賛成寄り）は「学術会議の意見を踏まえて、現会員の意向が反映され、コオプテーションの考え方が維持されるようにするとともに、人的な継続性も担保されるようにしています」と説明しました。

日本学術会議を現行の国の機関から特殊法人へ移行させる本法案の是非が議論の中心となりました。坂井学国務大臣（賛成）は法人化により「独立性・自律性を抜本的に高め機能強化を図る」ものと強調し、海外アカデミーとの比較においても組織面での独立性が明確になると説明しました。井上哲士議員（日本共産党、反対寄り）は「学術を軍事に動員し、目先の経済的利益の獲得に貢献させるため、学術会議を解体する法案」と断じ廃案を求めました。石川大我議員（立憲民主・社民・無所属、反対寄り）は内閣提出の法案を廃案にし、学術会議の独立性を担保する修正案への賛同を呼びかけました。竹詰仁議員（国民民主党・新緑風会、反対寄り）は「法人化そのものに反対せず、目指すゴールは同じ」としながらも、学術会議との合意形成が先決と主張しました。柴田巧議員（日本維新の会、賛成寄り）は本法案が学術会議の抜本的改革の第一歩となるかを問いながら、将来的な公益法人への移行も提唱しました。

法人化後の学術会議の独立性・自律性が実質的に確保されるかどうかが幅広く議論されました。坂井大臣（賛成）は「国から独立した法人になること自体が、国から独立して業務を行うことを明らかにしており」、「国の責務として学術会議の運営の自主性、自律性に常に配慮しなければならない旨も明記」していると主張しました。井上哲士議員（日本共産党、反対寄り）は「政府からの独立こそナショナルアカデミーの役割発揮の前提」と述べ、管理監督強化を強く批判しました。石川大我議員（立憲民主・社民・無所属、反対寄り）は「法案に独立性の文言がなく、政府ガバナンス強化を最優先に設計されている」と批判し、明確な法文化を求めました。竹詰仁議員（国民民主党・新緑風会、反対寄り）は「特殊法人化で形式的独立性は高まるが実質的には政府関与が強まり独立性が低下する」と懸念を示しました。

2020年10月の菅総理による会員候補6名の任命拒否問題および内閣法制局審査資料の黒塗り開示問題が、法案審議の前提として複数の議員から取り上げられました。井上哲士議員（日本共産党、反対寄り）は「政府は内部の勝手な検討で、国会にも示さず、解釈を一方的に変更して任命拒否を行った」として、政府に控訴取り下げと文書開示を要求しました。石川大我議員（立憲民主・社民・無所属、反対寄り）は「墨塗り開示なくして法案審議は許されず、菅総理の任命拒否は違法」と主張しました。竹詰仁議員（国民民主党・新緑風会、反対寄り）は任命拒否問題で「政府が学術会議の自律性を損なわせた」として誠実な説明と信頼関係の再構築を求めました。坂井大臣（賛成寄り）は「令和二年十月の会員任命については、現行の学術会議法に沿って任命権者である当時の内閣総理大臣が判断を行ったものであり、一連の手続は終了している」と述べ、不開示箇所については「情報公開法の不開示事由に該当すると判断した」として内容の開示を拒否しました。

日本学術会議が2017年（平成29年）に発出した「軍事的安全保障研究に関する声明」が、我が国の安全保障に資する研究に与えた影響について議論されました。柴田巧議員（日本維新の会、反対寄り）は同声明が多くの研究機関において審査制度整備の検討を促したデータを示し、「結果として我が国の安全保障に資する研究にネガティブな影響を与えてしまったのではないか」と問題視しました。中谷元防衛大臣（反対寄り）は「必ずしも御指摘の声明の影響だけではないと考えますが、様々な声に配慮して、依然として応募に慎重な主要大学が存在しているというのは事実であります」と認めました。一方、井上哲士議員（日本共産党、反対寄り）は「政府が軍需産業振興にかじを切り学術会議へ介入を強めた」と批判し、2017年声明を研究への政府介入を指摘した正当なものと位置づけました。

本会議の最大の焦点は日本学術会議法案であり、法人化による独立性強化を主張する政府・与党側と、政府関与の強化・任命拒否問題の未解決を理由に廃案・修正を求める野党側との間で鋭い対立が示されました。日本学術会議法案については採決は行われず質疑のみにとどまった一方、国際協同組合年決議・選挙執行経費改正案・災害対策法改正案・脱炭素法案・AI法案はいずれも可決されました。