所得税法等改正案の審議において、インボイス制度の経過措置（二割特例）縮減が論点となりました。大森江里子委員（中道改革連合）は「消費税インボイス制度の経過措置である二割特例が縮減され、対象も個人事業主に限定されてしまう」と指摘し、「厳しい経営環境の下で、中小企業、小規模事業者を引き続き支える措置が必要」として本改正案への反対理由の一つに挙げました。所得税法等改正案に対する附帯決議では、「免税事業者等が取引から排除されないよう配慮する観点から、免税事業者等の取引の実情を踏まえつつ、不断の見直しを行うこと」が求められました。

所得税法等改正案に関して、古川あおい委員（チームみらい）が一人親控除の所得要件引上げ未達成を反対理由の一つとして挙げました。「令和六年の税制大綱では、一人親控除の所得要件を五百万円から一千万円に引き上げられることが提案されておりましたが、今回の改正ではこちらは達成されませんでした」と指摘しました。また、所得が五百万円を超える一人親は児童扶養手当も一人親控除も受けられない状況となっており、「所得の増加によって支援が急激に減少し、結果として働き控えを生むような制度構造は避けるべきであり、この点で今回の制度改正は不十分」と批判しました。

牧野俊一委員（参政党）は所得税法等改正案への反対理由の一つとして出国税の設計に疑問を呈しました。「オーバーツーリズム対策として出国税を引き上げるのであれば、日本人と外国人を一律三千円とすることにも疑問がある」と述べ、前年のアウトバウンド（千四百七十三万人）とインバウンド（四千二百六十八万人）の数字を示したうえで、「日本人の税額を千円に据え置いても、外国人に三千七百円の負担を求めることで同等の財源が確保可能」と主張しました。租税条約の国籍非差別条項が壁になることは理解しつつも、負担の在り方を検討することは政府の責任と述べました。

復興財源確保法改正案については、登壇した三委員全員が賛成を表明しました。大森江里子委員（中道改革連合）は「東日本大震災の発生から十五年を迎えますが、復興はいまだ道半ばであり、第三期復興・創生期間において必要な財源を確保することは極めて重要」として賛成しました。近藤雅彦委員（国民民主党）は「福島の復興なくして東北の復興なし、東北の復興なくして日本の再生なし」という総理の言葉を引き、「復興への施策は力強く進めていただきたい」として賛成しました。牧野俊一委員（参政党）も賛成の立場を明言しました。採決は起立総員で可決されました。

牧野俊一委員（参政党）は所得税法等改正案への反対にあたり、税制構造の根本的な見直しを主張しました。「賃上げを阻み、雇用を不安定化してきた最大の要因は、消費税という事業者の粗利にかけられる第二法人税にある」と述べ、「消費税は社会保障のための税だと説明されますが、実際には一般会計に入る税であり、特定財源ではない」と指摘しました。また、「消費税が引き上げられる一方で、法人税は引き下げられ、過去三十年で株主配当は大きく増加した」として、「この税制の構造を一度白紙に戻し、税収不足があるのであれば、法人税の在り方を含めて議論することこそ筋ではないか」と問題提起しました。

特例公債法改正案（赤字国債の発行期限を五年間延長）をめぐり、賛否が分かれました。大森江里子委員（中道改革連合）は「日本経済はインフレや金利上昇という新たな局面に入っており、従来どおり五年間の単純延長とするのはリスクが大きい」として反対し、毎年度国会で審議・判断する仕組みとすべきと主張しました。近藤雅彦委員（国民民主党）は、改正案に新設された第五条（行財政改革の徹底）について「現時点で具体策が必ずしも評価できる内容ではない」と留保を示しつつも、年度末の状況を踏まえ「不断の行財政改革を実施し市場の信認を得る努力」を前提に賛成しました。牧野俊一委員（参政党）は「供給能力を育てるためには積極財政が重要」との立場から賛成しました。採決は起立多数で可決され、財政規律維持・市場との対話・単年度ごとの説明責任などを求める附帯決議が全会一致で付されました。

古川あおい委員（チームみらい）は、政府の国内投資加速方針そのものには賛同しつつも、設備投資促進税制の効果検証体制に懸念を示しました。「二〇一四年から三年間、生産性向上設備促進税制という類似の制度が実施されたが、設備投資の増加のうち税制による効果のみを切り分けて評価することは難しい」という大臣答弁を引き、「平年度ベースで四千百億円の税収減少が見込まれるにもかかわらず、政策効果の検証体制に不安が残る」と述べました。官民ファンドや資本性ローンなどより効果検証が可能な政策への重点投資も提案したが反映は難しいと受け止めており、反対理由の一つとしました。所得税法等改正案の附帯決議では、適用要件の詳細を速やかに示すよう努めることが求められました。

近藤雅彦委員（国民民主党）は、所得税法等改正案に賛成する根拠として本施策を明示しました。「昨年十二月十八日、自民党・国民民主党との間で合意書を交わし、年収百三万円の壁を百七十八万円まで引き上げること、大胆な設備投資減税等の導入が盛り込まれた」と述べ、「この度の所得税法等改正法案には、我々の主張が多く取り入れられている」として賛成を表明しました。採決は起立多数で可決されました。

所得税法等改正案に盛り込まれた防衛特別所得税（所得税への一％上乗せ）の新設をめぐり、反対意見が示されました。大森江里子委員（中道改革連合）は「委員会審議では、防衛力強化に必要とされる毎年一兆円の財源は、防衛特別法人税やたばこ税の見直しによって確保可能であることが明らかになった」として、「生活者に更なる負担を求めるこの措置は撤回すべき」と強く反対しました。なお、近藤雅彦委員（国民民主党）は所得税法等改正案全体には賛成しており、防衛特別所得税について個別の反対意見は示しませんでした。採決では所得税法等改正案は起立多数で可決されました。

復興財源確保法改正案および関税定率法等改正案は起立総員で可決された。特例公債法改正案および所得税法等改正案は一部の反対を受けながらも起立多数で可決され、それぞれ附帯決議が全会一致で付された。防衛特別所得税新設やインボイス経過措置縮減、一人親控除の未達成などが反対理由として挙げられた一方、年収の壁解消や積極財政の観点から賛成意見も示された。