石井智恵委員（国民民主党）が、日本学術会議が定めるナショナルアカデミーの五要件（学術的代表地位・公的資格・安定財政基盤・活動面での政府からの独立・会員選考の自主性）について本法案が充足しているか政府に質した。笹川政府参考人は、法人化によって五要件は結果的に押さえた設計になっているとし、独立性・代表地位・財政支援・会員の自律的選考いずれも担保されると主張した。山岸一生委員は、アメリカ・イギリス・ドイツ・フランスの先進四か国のアカデミーと比較し、会員選考への政府不関与・独立性・業務評価非実施の三点において先進民主主義国型の仕組みであるのに対し、本法案では政府関与が排除されない懸念から中ロ型に近づくのではないかと指摘した。光石会長（参考人）は、五要件全てを満たす特殊法人を求めており、現法案では独立性要件に懸念があることを示唆した。

伊東信久委員（日本維新の会）は、選定助言委員会の構成基準・議事録公開・公募制導入の可能性などを確認し、透明性確保のための制度設計を求めた。政府参考人は、選定助言委員会の委員は学術会議の総会が選任するため政府は一切関与しないと説明し、議事録公開や選考過程の明示は法律上の要請があるとしたが、具体的な公開内容は学術会議が判断すると述べた。坂井大臣は、選定助言委員会は個別の会員選考には意見を言わないことが条文上明確であり、意見に法的拘束力もなく、総会が会員を選任するため政府関与はないと主張した。梅谷守委員（立憲民主党）は、選定助言委員会の規定自体が多段階の外部関与であり、予算査定を通じた独立性侵害になると批判し、規定の削除を求めたが、大臣は法案の内容がベストとして応じなかった。

学術会議の国民への情報発信不足とその改善策について複数の委員が質問した。伊東信久委員（日本維新の会）は、個々の研究者の取組が社会に浸透していないのは政府の広報不足も一因であると指摘した。光石会長（参考人）は、社会の役に立っていないとの批判に対し、提言等の発信実績を説明しつつ、国民に分かりやすく伝えるための情報発信の工夫が必要であると自ら認め、アクションプランに基づく改革を誓約した。坂井大臣は、研究成果が政策に反映され国民生活に影響することを実感できるよう、情報発信と社会への反映が重要と述べた。石井智恵委員（国民民主党）は、若者向け情報発信や国民との対話強化を積極的に求め、政府参考人は高校生向け講演会・サイエンスカフェ・学生パネルディスカッションなど既存の取組を紹介した。

現行法の前文（「科学が文化国家の基礎」「我が国の平和的復興」等を掲げ、戦争反省に立つ設立趣旨を記述）が本法案で削除されたことをめぐり、継続性・理念の断絶が議論された。坂井大臣は、前文の理念は新法の基本理念（「学術に関する知見が人類共有の知的資源」「経済社会の健全な発展」）に包含・拡大継承されており、継続性は失われないと主張した。梅谷守委員（立憲民主党）は、学術会議自身が前文の維持を修正要求として決議しているにもかかわらず、政府が一方的に「変わらない」と断定するのはおかしいと強く批判し、時代に合わせた表現修正でよいので前文を残すよう求めた。塩川鉄也委員（日本共産党）は、前文削除によって平和・文化の理念が消え、1949年発会式での戦争反省に立つ科学者の決意という学術会議の原点を投げ捨てることになると強く批判した。

石井智恵委員（国民民主党）が、現行法では会員は国家公務員の特別職のため日本国籍が必要だが、特殊法人化後は外国人が会員になれるかを確認した。笹川政府参考人は、法人化に伴い公務員でなくなるため、外国人会員への選任が制度的に可能になると答弁した。石井委員は国際連携の観点から肯定的に評価し、具体的な採用手順は学術会議が判断するとの説明を受けた。坂井大臣も、外国人会員採用が可能になることを法人化のメリットの一つとして言及した。

法人化が独立性・自律性の強化につながるかどうかが会議全体を通じた最大の争点となった。坂井大臣は、法人化によって組織面でも独立性が明確になり、先進四か国と同様に政府とは別の立場で活動できると主張した。これに対し、市來伴子委員（立憲民主党）は、独立性が担保されない法案内容について学術会議の理解を得ずに押し通すのは間違いと批判。梅谷守委員（立憲民主党）は、学術会議の理解なしに解体・再編を進めることは日本学術会議法三条違反の疑いがあると強く指摘した。塩川鉄也委員（日本共産党）は、現行法の下で独立性・自律性を高めればよく、七十六年の歴史を持つ現行学術会議を廃止することは歴史の否定だと主張した。光石会長（参考人）は、法人化自体への賛否を示さず、よりよい役割発揮ができれば形態は問わないとしながら、独立性・財政基盤について懸念を表明した。上村英明委員（れいわ新選組）は、外部評価や外部人材導入の必要性論は筋違いであり、科学者が真理追求で培った知見を生かす仕組みこそ重要だと批判。緒方林太郎委員（無所属）は、監事・評価委員会等の仕組みが自粛効果を招き独立性を損なうと懸念を表明した。

本法案が現行法の「国庫の負担」から「補助することができる」という補助金方式に変更したことをめぐり、安定的財政基盤の確保が議論された。梅谷守委員（立憲民主党）は、補助金規定は独立行政法人の交付金より保障が劣り、予算措置を通じた独立性への干渉の懸念が払拭できないと批判し、独法の交付金に劣らない財源保障への修正を求めた。坂井大臣は、補助金方式でも必要な財政支援は行われ、学術会議の活動を支えていくと主張した。光石会長（参考人）は、補助金方式では安定・自律した活動が困難になる懸念があり、財政基盤が明確でないため懸念が完全に払拭されていないと表明した。上村英明委員（れいわ新選組）も、日本では安定的な政府財政基盤なしに学術会議が機能しないとして、外部資金化への懸念を示した。

内閣総理大臣が任命する監事の権限の強さと独立性への影響が複数の委員から追及された。市來伴子委員（立憲民主党）は、他の特殊法人との比較において、総会の議決を経ず、かつ会長等に再任制限がある一方で監事には再任制限がないなど、監事の権限が他法人より強いと批判した。緒方林太郎委員（無所属）は、監事が会長を飛ばして直接総理に意見提出できる仕組みは監事の忠誠心が総理に向かい萎縮効果を招くと批判した。坂井大臣は、監事は法人のために忠実に職務を遂行する義務があり、任命権者のために動くものではないと主張した。光石会長（参考人）は、内閣総理大臣任命の評価委員会が科学的助言の中立性に疑義を生じさせかねないとの懸念を表明した。

野党各委員は、2020年の任命拒否問題を法案の出発点と位置づけ、立法事実の不在・学術会議との不十分な合意形成・前文削除による理念断絶・監事権限や補助金方式を通じた独立性侵害の懸念を多角的に指摘した。坂井国務大臣は、法人化によって独立性が組織面でも明確となり先進四か国と同様の在り方になると主張し、法案がベストとして修正要求に応じなかったが、複数の資料提出要求が理事会協議に付された。光石会長（参考人）は、法人化の賛否は示さないとしつつ、財政基盤・独立性・プロセスについて懸念が払拭されていないとの立場を維持した。