本会議最大の争点として、企業・団体献金の全面禁止の是非が各党間で激しく議論された。立憲民主党の大串博志議員は「企業・団体献金禁止が本丸」として五党派共同で法案を提出していると強調した。日本共産党の塩川鉄也議員は「禁止が必要」と繰り返し主張し、経団連献金が法人税減税・消費税増税等の政策に影響を与えてきた歴史的事実を指摘した。日本維新の会の青柳仁士議員は「会社、労働組合、職員団体その他の団体から政党・政治資金団体への献金を禁止することが本丸」と明言し、三十年前の平成の政治改革で残った抜け穴を塞ぐべきと訴えた。有志の会の福島伸享議員は、段階的廃止も容認しつつ禁止の方向性を支持した。れいわ新選組の高井崇志議員は「まずは禁止で合意すべき」と訴えた。一方、自民党の小泉進次郎議員は「企業・団体献金の全廃は日本の政党政治にとってよくない」「多様な支え手から成り立つ政党政治でありたい」と明言し、禁止ではなく公開強化を主張した。三月三十一日の期限内に合意には至らなかった。

「企業・団体献金の全面禁止」と同趣旨の論点として、禁止の賛否が各立場から表明された。立憲民主党の大串博志議員は五党派法案の提出者として禁止を本丸と位置づけた。日本共産党の塩川鉄也議員は参考人の小林節氏の「企業献金は本質において買収」という見解を引用しつつ禁止の必要性を主張した。奥野総一郎議員も「三十年来の宿題」として禁止を強く推進した。日本維新の会の青柳仁士議員も禁止を本丸と明言した。自民党の小泉進次郎議員は「禁止論に立たない」と明確に発言し、公開強化を代替策として主張した。自民党の長谷川淳二議員は、禁止より公開という考え方を一貫して主張するとともに、禁止の必要やむを得ない規制としての根拠に疑問を呈した。

公明党の中川康洋議員が国民民主党との共同素案を口頭で紹介した。内容として、企業・団体から政党・政治資金団体への寄附について新たに総枠制限（現行上限の二割を年間上限割合）および受け皿を都道府県連に限定する個別制限を設ける方針が示された。また、政治団体からの寄附については総枠一億円・個別二千万円の規制新設が提案された。大串博志議員（立憲）は、この規制案に対して「一社から最大五千万円の献金があった自民党が政治資金団体を二つ持てば四千万円に到達でき、大きな規制にならない」と実効性に疑問を呈したが、共同案との修正協議に前向きな姿勢を示した。青柳仁士議員（維新）は政治団体への寄附について総枠・個別制限を設けることに合意している。なお、禁止か規制強化かという根本的な立場の違いは解消されなかった。

中川康洋議員（公明）は、自民党案の公開基準「年間一千万円超」について、国民民主党との素案として「五万円超」への引き下げを提案した。これは前年の臨時国会で成立した政治資金パーティー券の公開基準と平仄を合わせるものと説明された。大串博志議員（立憲）は、五万円への引き下げにより名寄せができるようになるだけで「元々企業・団体献金は五万円以上公開されている」として実効性に疑問を呈した。また、独自に全総支部のネット登録・名寄せ・公開による一〇〇％公開案を提示した。長谷川淳二議員（自民）は、一千万円の根拠として個人献金の上限のうち低い方を採用したと説明し、引き下げに際しては個人献金との整理が必要として慎重姿勢を示した。

企業が営利目的なく政治献金を行い得るかについて議論が交わされた。日本維新の会の青柳仁士議員は、石破総理の「企業は営利を目的としているから営利目的なく献金することはおかしい」という答弁や、参考人の小林節氏の「営利目的でない献金は背任、営利目的ならば贈賄」という見解を紹介し、「企業が見返りなく特定の政治家・政党に献金することは通常あり得ない」と主張した。これに対して自民党の小泉進次郎議員は「企業が社会貢献や広い政策評価に基づいて献金することは十分あり得る」と反論し、全ての企業が見返りを求めていると評価することは企業活動の実態を単純に図式化したものだと述べた。日本共産党の塩川鉄也議員も、経団連が自民党に四百八十八億円を献金する間に法人税減税・消費税増税が実現した歴史的事実を挙げて政策のゆがみを主張した。

中川康洋議員（公明）は国民民主党との共同素案で、税額控除率を現行三〇％から最高四〇％に引き上げる案（認定NPO法人等の税額控除率に合わせる水準）を提示した。国民民主党の福田玄議員は「個人献金の拡大は非常に大切」と明言し、税額控除の拡充を歓迎した。一方、自民党の長谷川淳二議員は、「少額献金の全額控除は形を変えた公的助成ではないか」と疑義を呈するとともに、NPO法人等の四〇％を超える税額控除を政治家自身で決めることへの慎重論を述べた。また、平成の政治改革で政党本位の実現のために政党・政治資金団体に限って導入された税額控除を個人議員まで拡大することが政党本位の趣旨に合致するかとの論点も提起した。

自民党の複数の議員について、個人献金の住所欄に企業の住所が記載されていた報道を受けて議論が行われた。国民民主党の福田玄議員は、地元の自民党地方議員からも「政治家は金にだらしない」との声が上がっていることを紹介し、献金者の申告住所を単にそのまま記載してしまう慣行の問題点を指摘して「細に入ってチェックすることが必要」と主張した。自民党の長谷川淳二議員は、「申告された住所をそのまま書いてしまうことがある」のは事実と認めつつ、野党にも同様のケースがあることを指摘した上で「法律にのっとって適正に処理することが重要」と述べた。明確な改善策の合意には至らなかった。

自民党の長谷川淳二議員は、野党共同案（衆法第二一号）において同一の国会議員に係る国会議員関係政治団体間の寄附が適用除外とされており、「幾らでも際限なく資金融通が可能」になっているとして抜け穴の懸念を指摘した。さらに、一の政治団体が複数の国会議員に係る国会議員関係政治団体になれる現行法の構造と組み合わさると規制の実効性が失われるとも主張した。立憲民主党の本庄知史議員は「同一議員の関係政治団体間の資金移動は実質的に内部移動にすぎないため適用除外とした」と説明し、抜け穴への懸念については「案に拘泥するものではないので具体的な御提案をいただければ検討したい」と柔軟な姿勢を示した。

長谷川淳二議員（自民）は、三月十七日の参考人質疑で中北・谷口両参考人が「平成の政治改革当時に企業・団体献金の全面禁止の合意が成立した事実はない」と証言したとして、「三十年前の禁止合意」という前提認識は誤りだと主張した。合意文書には禁止ではなく見直し規定（附則）が記されているとして文書に基づく議論の重要性を訴えた。奥野総一郎議員（立憲）はこれに強く反論し、連立政権樹立合意事項・細川総理の所信表明・成田参考人の証言および細川・河野両者がメディア等で企業・団体献金廃止への合意を認めていることを根拠に「三十年来の宿題」と主張した。日本維新の会の青柳仁士議員は、三十年前の定義では「会社、労働組合、職員団体その他の団体から政党・政治資金団体以外への献金を禁止」したのが改革の趣旨であり、政党向けの部分が残ってしまったのが「抜け穴」だとして、禁止の方向性自体は三十年前からの合意だと主張した。

公明党の中川康洋議員が国民民主党との共同素案の検討事項として「早期に政党法の制定を検討する」方針を紹介した。政党法制定後は、その規定に服する政党のみが企業・団体からの寄附を受けられる仕組みも併せて検討するとした。国民民主党の福田玄議員も「受け手を包括的に定める政党法制定に向けて鋭意準備に取り組んでいる」と表明した。ただし、政党法の具体的な内容や時期については議論が深まらず、今後の検討課題として提示されるにとどまった。

公明党の中川康洋議員は国民民主党との素案として、その他の政治団体が政治団体に対して行う寄附について年間一億円の総枠制限を新設し、政党・政治資金団体に対する個別制限として年間二千万円を設けることを提案した。自民党の長谷川淳二議員は、野党共同案で政治団体の寄附総枠が当初の維新案（一千万円）から六千万円、個別制限が一千万円から二千万円に大幅に緩和された点を「抜け穴ではないか」と問題指摘した。れいわ新選組の高井崇志議員は「少なければ少ないほどよい」と主張し、政治団体が抜け穴になっているという懸念から一層厳格な規制を求めた。維新の青柳仁士議員は数字の根拠について憲法上の観点からの合理的な設定を試みたものと説明した。

日本維新の会の青柳仁士議員は、議論の中で「企業・団体献金」の定義を明確化した。青柳議員によれば、企業・団体献金とは「会社、労働組合、職員団体その他の団体からの寄附」であり、政治団体からの寄附とは別物であると説明した。三十年前の平成の政治改革でもこの定義が用いられていたとして、政治団体の寄附に関する規制論議と企業・団体献金の禁止論議を混同してはならないと主張し、本丸はあくまで「会社・労働組合・職員団体その他の団体から政党・政治資金団体への寄附の禁止」であると強調した。

日本共産党の塩川鉄也議員は、参考人の中北浩爾氏が「公開期間を三年ではなく無期限にしてほしい」と述べたことを踏まえ、収支報告書の保存・公開を無期限にすべきと自民党提出者に求めた。自民党の長谷川淳二議員は、現行の収支報告書の保存・公開年限に合わせて三年が適切であり、またオンライン公表によりダウンロードも可能になると説明した。個人情報保護の必要性や保存事務負担も考慮する必要があるとして慎重姿勢を示した。収支報告書の要旨廃止の撤回についても塩川議員が求めたが、長谷川議員は「都道府県選管の事務負担が相当かかる」として撤回に否定的な見解を示した。

企業・団体献金の在り方をめぐり、禁止ではなく公開強化を優先すべきとする立場と、公開強化は必要だが禁止が先決とする立場が対立した。自民党の小泉進次郎議員と長谷川淳二議員は、「禁止より公開」との考え方を一貫して主張し、「国民の不断の監視と批判の下に置くことが大事」と述べた。長谷川議員は、世論調査でも「公開すべきが多数」という結果があるとして、公開強化が多数の国民の意識に沿うとも主張した。日本共産党の塩川鉄也議員は、公開強化の必要性自体は認めつつも「禁止が先決」と主張した。

有志の会の福島伸享議員は、自身の政治資金パーティー収入を分析した結果、「個人が一、企業・団体が二の割合でパーティー券を購入しており、企業・団体頼りになっている」と自ら認めた。そのことを正直に認めた上で、「もらったら質問をやめようかと思ってしまうのが人間の気持ち」として、そうした忖度を断ち切るためにも企業・団体への依存を是正することが必要だという立場を示した。また、小泉進次郎議員の政治資金を引き合いに出し、収入の七割以上がパーティー収入であることを指摘したが、自民党の小泉議員は「政治資金規正法にのっとって対応している」と述べるにとどまった。

立憲民主党の大串博志議員は、公開強化に関して独自案として「全総支部についてのネット登録・名寄せ・公開」による一〇〇％公開に向けた法案を別途準備していると表明した。自民党の長谷川淳二議員は、自民党案について収支報告書の二階部分としてオンライン提出の義務化とデータベース化を推進していると説明した。ただし公開期間は三年であり、現行保存年限に合わせている。中川康洋議員（公明）は、データベース化により透明性と公開性を強化する方向性は共有しつつ、公開基準の五万円超への引き下げを求めた。

有志の会の福島伸享議員は、迂回献金防止手段の一つとして政治資金監視委員会の活用を具体的に提案した。雇用関係の不当利用等に対して直接罰則をつけることが条文の明確化の困難さから難しい中、政治資金監視委員会が不当な扱いを受けた者の申立てを受けて調査し、勧告・措置命令を経て罰則を適用する間接的な罰則の仕組みを立法上実現可能とした。この委員会の細目は今後法律で定めることになるとして、その場での議論も求めた。

自民党の長谷川淳二議員が、有志の会の福島伸享議員が三月十四日の質疑で提出した資料（茨城から日本を再生する会の収支報告書）を基に問題を指摘した。福島議員個人から同政治団体への直近三年間の寄附が年間一千万円の上限を超えていることを指摘し、「政治資金規正法の量的規制に違反しているのではないか」と追及した。福島伸享議員は、「確かに法律に違反している状況にある」と認め、無所属で財布が一つしかないため全額を政治資金団体に入れようとした結果であり「誤認に基づくもの」として、訂正などの手続を取ると表明した。

自民党提出の意思尊重法案（衆法第五号二条）について、国民民主党の福田玄議員が「必要な配慮」の具体的内容を質問した。企業における「構成員」が株主を指すのか、株主総会での決議が必要なのかなどを問うた。自民党の塩崎彰久議員は、株式会社における構成員は「株主」が基本であり、具体的な手続は「各団体の定款・規約によって決まる」と説明した。労働組合は定期大会など各団体の定める手続に従うとした。福田玄議員は「必要な配慮」の内容が「ふわっとしすぎている」とし、実務上ガイドラインが必要と指摘した。

企業・団体献金を禁止した場合の迂回献金（脱法的な個人献金への転換等）の懸念について各党が議論した。立憲民主党の奥野総一郎議員は「他人名義の寄附は罰則付きで既に禁止されており、迂回を理由に禁止をためらうべきでない」と主張した。立憲民主党の本庄知史議員は「雇用関係の不当利用等を禁じた条文が行為規範・抑止効果として機能する」と説明した。有志の会の福島伸享議員は政治資金監視委員会の活用を提案した。日本維新の会の青柳仁士議員も、不当な影響力を使った迂回献金を禁じる条文で対処可能と主張した。れいわ新選組の高井崇志議員は「この条文で本当に抜け穴が塞がるのか」と疑問を呈した。

野党共同案に新設される「雇用関係の不当利用等による寄附等の制限」条文（二十二条の六の三）の実効性をめぐって議論が行われた。立憲民主党の本庄知史議員は「罰則こそないが、ダミーの政治団体を介した迂回献金の禁止という核心部分の禁止規範として明確であり、行為規範として十分機能する」と説明した。維新の青柳仁士議員も同趣旨の立場を示した上で、修正提案があれば柔軟に議論したいとした。れいわ新選組の高井崇志議員は、本条で本当に抜け穴が塞がるのか疑問を呈しつつも、必要性自体は認めた。

企業・団体献金の全面禁止を主張する野党五党と、禁止ではなく公開強化を訴える自民党との対立が続いたほか、公明党・国民民主党が規制強化の素案を口頭で提示し、修正協議の方向性が示された。三月三十一日の期限内に各案の合意には至らず、平成の政治改革における禁止合意の有無、迂回献金防止の実効性、個人献金税額控除の拡充範囲など多岐にわたる論点が積み残しとなった。