上山隆大参考人は、政府の外に出て権威ある独立した組織をつくり、政府・民間から資金を獲得しながら、他国アカデミーと対等に科学的助言を行う機能強化を強く支持しました。各国アカデミーとの「彼我の差」を克服するためには、政府から独立した組織への変貌が不可欠であると述べました（賛成寄り）。吉村忍参考人は、現在の学術会議はナショナルアカデミーとして機能しており、法人化法案はその機能を弱体化させ「日本にとって大きな国家的損失」をもたらすと批判しました。会員が審議より評価書や資料作成、外部資金獲得に追われる状況を懸念し、会員のなり手がいなくなる可能性を指摘しました（賛成寄り・現状維持の観点から法案には反対）。川嶋四郎参考人は、五要件を完備した現在のナショナルアカデミーの存続・機能維持を求め、現法案は「えせナショナルアカデミー」をつくるものとして修正を強く求めました（賛成寄り）。相原道子参考人は、新法が学術会議を「世界に誇れるナショナルアカデミーに発展させるためのものでなければならない」として、独立性と外部に開かれた仕組みづくりを強く要望しました（賛成寄り）。

相原道子参考人は、現行コオプテーション方式では選考理由が外から見えず、幅広い候補者への推薦拡大とG7の投票制度導入を期待すると述べました。現在の方式は「なぜこの方が選ばれたか外から見て見えない」と問題提起しつつ、法案の書き込みが緩い点を指摘しながらも、学術会議が自律的に選考方法を考えられる余地があると肯定的に評価しました（賛成寄り）。上山隆大参考人は、学協会の細分化による推薦方式に疑問を呈し、「ナショナルアカデミー自身の知見による選定」を求め、選挙制も否定しました（中立）。川嶋四郎参考人は、現行コオプテーション方式を「歴史的な試練を経た最も最適な日本的な専門的知見を持った科学者の選抜方式」と評価する一方、外部の非科学的な目の介入による萎縮効果を強く懸念しました（中立）。

上山隆大参考人は、政府・民間からの資金獲得拡大が必要とした上で、外部資金獲得は独立性を奪わないと主張しました。税金を中心に民間資金を「潤滑剤」と位置づけ、法人化後の組織拡大には外部資金獲得の強い意思が不可欠と述べました（賛成寄り）。吉村忍参考人は、外部資金・寄附集めは「本末転倒」であり、審議スタッフの充実のための安定した国家財政支出が不可欠と主張しました。現状でも学術会議の活動基盤が不十分であり、その解決を法人化の賛否ではなく財源の確保という観点から論じるべきと述べました（反対寄り）。川嶋四郎参考人は、補助金化で予算の見通しが立たなくなると強く懸念し、申請型外部資金は活動の基本的考え方と相入れないとして財政基盤の脆弱化を指摘しました（反対寄り）。柴田巧委員は民営化・自主財源確保・寄附税制措置を重要と位置づけ、外部資金獲得の推進を主張しました（賛成寄り）。相原道子参考人は、基盤的経費は国の補助金で賄いつつ、財源の多様化による自主財源獲得の努力が今後必須と述べました（賛成寄り）。

上山隆大参考人は、各国アカデミーは政府の中に存在してはならないという「大原則」を根拠に、政府機関からの独立した法人への再出発を支持しました（賛成寄り）。吉村忍参考人は、法人化そのものに絶対反対ではないとしながらも、現法案は独立性・自主性を奪い機能弱体化を意図するものに見えると批判し、「五要件を満たす法人化でなければ意味がない」と主張しました（反対寄り）。奥村政佳委員は立憲民主党の修正案を提示しつつ、政府が任命拒否問題を起こした上で「独立性を高める」と主張することの矛盾を指摘しました（反対寄り）。川嶋四郎参考人は、五要件を充足した法人化には反対しないが、現法案は「えせナショナルアカデミー」をつくるものとして修正を強く求め、プロセスの不適切さや法案作成における問題点も詳細に指摘しました（反対寄り）。相原道子参考人は、政府機関のままでは制約が多く機能強化に限界があるとして法人化を支持し、五要件は法案でも守られていると評価しました（賛成寄り）。

上山隆大参考人は、監事等の外部委員会は「深い信頼のコミュニケーションネットワークを広げるためのツール」にすぎず、独立性を脅かさないと評価しました（賛成寄り）。吉村忍参考人は、監事・評価委員会等への対応業務が会員に課せられることで、本来の審議・国際活動の時間が奪われると批判しました（反対寄り）。川嶋四郎参考人は、監事の職務範囲が広過ぎて科学的助言内容にまで及ぶ可能性があり、評価委員会の評価が補助金額に反映されるとして独立性を強く懸念しました。ただし、監事そのものには会計検査院の検査で十分であるとして、法案の監事制度のあり方を問題としていました（反対寄り）。柴田巧委員は、国費を投入する以上、監事を置いて適正使用を国民に説明できることは当然であり、監事設置は必要と主張しました（賛成寄り）。相原道子参考人は、監事は活動の独立性を損なわず国費投入上当然であり、評価委員会の意見に拘束力はないとして、外部視点による自己評価の再考機会として肯定的に評価しました（賛成寄り）。

上山隆大参考人は、学問知識のアウトカムは予測不能であり、研究を止めることは学術の自由を奪う行為であるとし、「学知の自由度を広げ国民の負託に応えることがアカデミアの使命」と主張しました（賛成寄り）。吉村忍参考人は、ナショナルアカデミーの真の独立性・自主性・自律性が科学的助言機能の健全な発揮に必須であり、政治的意思への従属は「政治を勘に頼るもの」にするとして強く訴えました。科学的合意形成と政治的意思決定は必ずしも一致しないことを前提に、その独立したプロセスの重要性を強調しました（賛成寄り）。奥村政佳委員は、地球温暖化等で科学的合意と政治的意思決定が対峙するケースへの懸念を示し、学術の独立性確保の重要性を吉村参考人に確認しました（賛成寄り）。川嶋四郎参考人は、学問の自由と司法権の独立を並べて論じ、「政治に左右されない純粋な知の探求」の場としての学術会議存続を強く訴えました（賛成寄り）。

参考人四名は法人化の方向性そのものについて一定の共通認識を示しつつも、現法案が財政基盤の安定性、活動・会員選考における独立性（ナショナルアカデミーの五要件）を充足しているかどうかをめぐり、賛否が鋭く分かれた。審議の末、立憲民主・社民・無所属を代表して木戸口英司委員より修正動議が提出され、五要件の全充足と学術会議の懸念払拭を目的とした修正案の内容が説明された。