令和二年十月に菅政権下で行われた六名の会員任命拒否問題と、その法的根拠となった行政文書（平成三十年作成、黒塗り部分あり）の開示を巡り集中的に議論されました。石垣のりこ議員（反対寄り）は、任命拒否された六名への理由説明と黒塗り文書の開示を強く求め、「この三点が整うまでは新たな法案の採決などあり得ない」と主張しました。光石衛会長（反対寄り）は「任命されなかった理由というのは明らかにしていただきたいということは、ずっとかねてから要望しているところ」と述べました。坂井学大臣（反対寄り）は「個々の任命の理由など人事の詳細について明らかにすることは、公正かつ円滑な人事の確保に支障を及ぼすおそれなしとは言えず、政府としてお答えは差し控えざるを得ない」と開示を拒否しました。木戸口英司議員（反対寄り）は、法的整理文書が「推薦を十分に尊重する必要があると考えられる」としていることを重視し、政府側の責任が大きいと指摘するとともに、黒塗り問題も批判しました。井上哲士議員（反対寄り）は、理由・経過・法解釈変更の検討過程を一切明らかにしないまま採決することは「断じて認められない」と主張しました。竹詰仁議員（反対寄り）は「任命拒否問題の情報を開示し、説明をし、学術会議と政府との信頼関係を再構築した上で本法案はやり直すべき」と述べ、討論でも改めて誠実な説明を求めました。

日本学術会議を現行の国の機関から特殊法人へ法人化する政府提出法案と、立憲民主・社民・無所属会派提出の修正案の双方について、独立性・自主性・自律性の確保の観点から広範な議論が行われました。坂井学大臣（賛成寄り）は「法人化することにより独立性・自律性を高め機能強化する」として政府案を一貫して支持しました。光石衛会長（反対寄り）は、補助金形式の財政措置・監事の内閣総理大臣任命・中期的な活動計画の策定義務等について、「政府からの独立性が確保されているからこそ適切に機能が発揮できるナショナルアカデミーとしての活動の信頼性が失われるのではないか」と懸念を表明し、声明・決議の趣旨として法案の修正を求めると述べました。井上哲士議員（反対寄り）は「法案は独立性・自主性・自律性を根こそぎ奪う」として廃案を主張し、前文削除や設立趣旨の形骸化を批判しました。大島九州男議員（反対寄り）は「政府の代弁機関をつくるものだ」と断じ、統制メカニズムが巧みに組み込まれていると反対しました。木戸口英司議員（反対寄り）は法人化の方向性を一定認めつつも、政府説明への納得感の欠如と独立性確保への疑問を示しました。柴田巧議員（賛成寄り）は政府案を「第一歩」として支持しつつ、不十分な点を指摘し更なる改革を求めました。片山大介議員（賛成寄り）は監事・評価委員会の説明責任の仕組みを評価し、法人化を前向きに捉えました。石垣のりこ議員（反対寄り）は政府案に反対し、独立性を明記した修正案への賛成を表明しました。竹詰仁議員（反対寄り）は政府案の独立性・自主性確保に疑義を示し、原案反対・修正案賛成としました。採決の結果、修正案は否決され、政府提出の原案が多数をもって可決されました。その後、与野党共同提案による附帯決議も多数で可決されました。

質疑・討論を経て、立憲民主・社民・無所属提出の修正案は少数で否決され、政府提出の日本学術会議法案が多数をもって原案どおり可決されました。また、令和二年の任命拒否問題への説明責任や独立性・自主性の尊重等を求める与野党共同の附帯決議も多数で可決されました。なお、盗難特定金属製物品の処分の防止等に関する法律案については、委員会終了間際に趣旨説明が行われるにとどまりました。