事業者の体制整備義務の内容と法定指針への具体的明示をめぐって議論が行われました。山田勝彦委員（立憲民主党）は、「法定指針の中に不当な配置転換の具体例を記載すべき」と主張し、政府参考人は、禁止される不利益取扱いに含まれ得る措置の例を指針に明示し事業者に周知徹底することを検討していると応じました。角田秀穂委員（公明党）は、体制整備義務の周知義務が法律に明記されることを評価しつつ、「具体的な内容、方法についてできるだけ具体的に法定指針にも明示すべき」と要望しました。政府参考人は、周知方法については事業形態や働き方の多様化から画一的に定めることは考えていないと説明しました。また、角田委員は、不利益取扱いに対する懲戒処分を就業規則等に明文化して周知するよう事業者に積極的に指導すべきとも求めました。

本会議でも最大の論点となったのが立証責任の転換の範囲です。今回の改正案は解雇・懲戒への立証責任転換を含む一方、配置転換は対象外としており、この点をめぐって与野党から多数の意見が表明されました。丹野みどり委員（国民民主党）は解雇・懲戒への立証責任転換を評価しつつ、「明らかに不当な配置転換に限定した」形での転換要件設定を提案しました。大西健介委員・石川香織委員（立憲民主党）は、「人事評価に関する情報は事業者が持っている」「被雇用者等が自身の配置転換が公益通報によるものかを立証することは事実上非常に難しい」として、配置転換への立証責任転換は人事権を狭めないと主張し強く支持しました。山田勝彦委員（立憲民主党）は「労働者に立証責任を負わせることの方が明らかにおかしい」と企業側への転換を強く主張しました。本村伸子委員（共産党）も配置転換への立証責任転換を求めました。角田秀穂委員（公明党）は、解雇・懲戒以外への立証責任転換についても「前向きに検討していっていただきたい」と要望しました。一方、伊東良孝大臣（反対寄り）は「配置転換を立証責任の転換の対象とすると、虚偽の通報を頻繁に行う懸念や事業者の人事労務管理が大きく制約されるおそれ」を理由に現状困難と繰り返し表明しました。

公益通報を理由とする不利益取扱い全般、特に配置転換への対応について幅広い議論が行われました。大西健介委員（立憲民主党）は消費者庁のアンケートを引用し、「実際に通報した場合に受けた不利益な取扱いとして、解雇や懲戒よりも配置転換や人事評価上の減点が多くを占めていた」として、「配置転換に対応しなければ法改正というのは実効性を確保することができない」と主張しました。山田勝彦委員（立憲民主党）は、「なぜ不利益を被る通報者側に立って法改正されてこなかったのか、なぜ企業に負担をかけないことが優先されているのか」と政府を批判しました。本村伸子委員（共産党）は「今回できないというのであれば一刻も早く検討を今すぐ行っていただき法改正を是非していただきたい」と強く主張しました。石川香織委員（立憲民主党）は修正案で配置転換への保護強化を提案しました。角田秀穂委員（公明党）は不利益取扱いに対する懲戒処分を就業規則に明文化して周知するよう求めました。最終的に採択された附帯決議では、報復目的の配置転換への立証責任転換と刑事罰適用の検討が盛り込まれました。

今回の改正案の柱の一つである解雇・懲戒への刑事罰導入について議論が行われました。丹野みどり委員（国民民主党）は「解雇や懲戒といった不利益な取扱いに対しては刑事罰が導入された」ことを前進として評価しました。山田勝彦委員（立憲民主党）は刑事罰導入自体は評価しつつも、探索行為への刑事罰が見送られたことを「残念」と表明し、「抑止力」としての罰則拡大を主張しました。本村伸子委員（共産党）は配置転換についても解雇同様の罰則導入を求め、「今回できないというのであれば一刻も早く」改正するよう求めました。梅村聡委員（維新）は、配置転換への刑事罰には慎重で、「刑事罰というやり方じゃなければそこのところが担保できないのかどうか、慎重に考えるべき」と表明しました。石川香織委員（立憲民主党）は修正案で解雇等への刑事罰導入支持に加え配置転換への拡大も主張しました。青山大人委員（立憲民主党）は「刑事罰については、まずは抑止効果に期待すべきものだ」として、「裁判での適用事例を待つ必要はない」と主張しました。

公益通報対応業務従事者の守秘義務の期間と独立性確保について議論が行われました。梅村聡委員（維新）は、現行法が守秘義務を負う期間を定めていないことにより「一度その業務に従事をすれば永遠にこの守秘義務がその個人にかかってくる」として、「永遠に刑事罰としての守秘義務を負い続けるということではなく、守秘義務を負う期間を定める必要性があるのではないか」と問題提起しました。政府参考人は「一定期間が経過しても従事者が情報を漏えいした場合には不利益な取扱いが生じるおそれ」があるとして期間を設けていないとし、有識者検討会でも中心的な論点とはなっていなかったと説明しました。角田秀穂委員（公明党）は、探索行為と誤認されないためにも従事者の独立性確保のための指針規定を法定指針に明示すべきと要望し、政府参考人は指針において組織の長からの独立性確保や利益相反の排除が求められているとの考えを示しました。

法改正全体の実効性について多角的な議論が行われました。たがや亮委員（れいわ新選組）は「改正案が私はパッチワークだと思っています。配置転換の取扱い、公益通報に付随する行為の取扱い、第三者機関による体制整備、対象法令の拡大等、積み残しがある」として「あしたからでも検討を再開すべき」と批判しました。丹野みどり委員（国民民主党）は「今回の法改正は通過点」であり「よりよい社会になっていくことを願う」と継続的改善を求めました。大西健介委員（立憲民主党）は「現行法及び改正案では十分に対応できないことは明らか」として早期改正を主張しました。本村伸子委員（共産党）は配置転換対応の欠如を批判し一刻も早い改正検討開始を求めました。梅村聡委員（維新）は方向性の必要性を認めつつ、悪用防止や実態調査の重要性も指摘しました。石川香織委員（立憲民主党）は通報妨害・探索禁止の正当な理由を指針で明確化することの必要性を主張しました。青山大人委員（立憲民主党）は「事業者のみならず社会に法の周知や制度の理解が進むよう政府による情報発信を重ねてお願いする」と求めました。最終的に、検討期間は施行後五年から三年に短縮する修正案が全会一致で可決されました。

公益通報者保護法の対象法令を政治・行政分野にも拡大することについて議論が行われました。たがや亮委員（れいわ新選組）は「森友問題や自民党の裏金問題、兵庫県知事のスキャンダルが相次いでいる政治、行政の信頼を回復する意味でも、対象範囲の拡大について検討すべき」として、政治資金規正法違反を対象法令に含めることを求めました。伊東良孝大臣は「現在の法目的では消費者保護という観点に重点を置き、国民の生命、身体、財産その他の利益の保護を直接の目的とする法律を対象としている」とし、「現在の法目的の範囲においても事業者の体制整備や不利益取扱いの抑止、救済などについて制度の実効性に課題があり、まずはそれらの課題に適切に対処し制度の充実強化を図ってまいりたい」として対象拡大に消極的な姿勢を示しました。

兵庫県知事をめぐる公益通報事案を踏まえた法改正の在り方について議論が行われました。丹野みどり委員（国民民主党）は「兵庫県の元県民局長の取扱いをめぐっても国民の関心は高まっている。正義の心を持って告発した人が命をもって抗議する、そういう社会はあってはならない」と明言し、今回の法改正の意義を強調しました。山田勝彦委員（立憲民主党）は、「兵庫県において、不当な探索行為によって命を落とされた方もいらっしゃいます。なぜ本改正案でこの探索行為を刑事罰の対象にしなかったのでしょうか」と大臣を問い質しました。伊東大臣は「探索行為自体の違法性の高さについて客観的な判断が必ずしも容易でない」「事業者による正当な調査を阻害する要因になり得る」ことを理由に刑事罰は適当でないとの立場を示しました。また、兵庫県の第三者委員会が「県の対応は公益通報者保護の観点から違法や不当なものだった」と指摘したことも会議テキスト中で紹介されました。

地方公共団体、特に市区町村における公益通報者保護制度の実装状況について議論が行われました。角田秀穂委員（公明党）は、消費者庁の意識調査で「約四割の市区町村がこうした外部通報に対応する窓口を設置しておらず、半数以上の市区町村では外部通報に対応するための内部規程を整備していない」との調査結果を示し、「市区町村の体制整備の義務が履行されていない状況を改善する取組を進めていただきたい」と求めました。最終的に採択された附帯決議では、消費者庁が地方公共団体に対して地方自治法に基づく技術的助言を行うとともに、国及び地方公共団体への除外規定の在り方についての検討を行うことが盛り込まれました。

公益通報のための資料収集・持ち出し行為の免責について議論が行われました。丹野みどり委員（国民民主党）は「証拠収集のための資料持ち出し行為への免責担保がなければ通報者が証拠を集めるのは困難」「窃盗罪、横領罪、背任罪、個人情報保護法と、いろいろその他の法律も合わせて、こうした罪から免責されるんだという担保がなければ」と問題提起しました。梅村聡委員（維新）は「仮にこの持ち出し等に刑事免責が導入された場合」の現行法との整理について質問し、既存犯罪法令との丁寧な整理が必要として慎重な検討を求めました。政府参考人は、有識者検討会の報告書で「窃盗罪、横領罪、背任罪、不正アクセス禁止法違反などとの関係を整理し引き続き検討すべき」と提言されたことを紹介しつつ、「現状では整理を行うには施行後の状況を踏まえる必要がある」として今回の改正案には盛り込まれなかったとしました。附帯決議では公益通報に付随する行為の取扱いについても検討を加えることが盛り込まれました。

通報妨害と通報者探索の禁止規定、特に「正当な理由」の解釈と罰則導入の要否について議論が行われました。丹野みどり委員（国民民主党）は「正当な理由という部分がやはり漠然と幅広過ぎる」として、「事業者側が正当な理由があると逆に利用するケースも考えられる」と指摘し、正当な理由の具体的明示と探索行為への罰則導入を求めました。石川香織委員（立憲民主党）は修正案として、「正当な理由が事業者によって融通無碍に解釈されてしまうと実効性が全くない規定となる」として内閣総理大臣が指針を定めることを提案しました。青山大人委員（立憲民主党）は罰則規定がないことで実効性・抑止力が不十分と問題提起しました。山田勝彦委員（立憲民主党）は探索行為への刑事罰不導入を「残念」とし罰則による抑止力の必要性を強調しました。伊東大臣は「探索行為自体の違法性の高さについて客観的な判断が必ずしも容易でない」「事業者による正当な調査を阻害する要因になり得る」として刑事罰は適当でないと表明しました。政府参考人は、正当な理由については「例外的かつ限定的」に運用されるべきとし、逐条解説やＱアンドＡ等による解釈の明確化を図ると応じました。附帯決議では、正当な理由について指針等においてその範囲を限定して規定した上で適切な周知を行うことが盛り込まれました。

通報者の匿名性保護と秘密漏えい防止について議論が行われました。青山大人委員（立憲民主党）は、消費者庁の意識調査で「六割以上が匿名との回答」であり「匿名通報のニーズが非常に高い」と指摘した上で、「従事者が必要な調査のためなどと主張して匿名の通報者を探索することは、これを逆手に取り正当な理由に当たるという名目での探索行為が行われることも考えられる」として匿名通報が難しくなる可能性への懸念を示しました。政府参考人は「従事者が必要な調査のためなどと主張をして匿名の通報者を探索することは、あってはならない」と明言し、法改正施行に向けて周知・理解促進を図るとしました。

配置転換を立証責任転換・刑事罰の対象とすることの可否が本委員会で最も多くの時間を割いて議論された論点です。丹野みどり委員（国民民主党）は「明らかに不当な配置転換に限定した罰則・立証責任転換の要件設定」を提案しました。大西健介委員（立憲民主党）は「人事評価に関する情報は事業者が持っているのであって、被雇用者等が自身の配置転換が公益通報によるものなのかを立証することは事実上非常に難しい」「通常の配置転換であっても労働者の求めがあった場合には配置転換の理由を説明する責任があり、事業者が立証する負担も大きくない」として強く支持しました。山田勝彦委員（立憲民主党）は「企業は配置転換に説明責任があり、労働者に立証責任を負わせることの方が明らかにおかしい」と主張しました。本村伸子委員（共産党）は「立証責任を事業者に転換しなければ本当に立証するのが労働者側としては難しい」と求めました。石川香織委員（立憲民主党）は修正案で配置転換への立証責任転換・刑事罰を提案し「現行法・改正案では解決することができない」と明言しました。梅村聡委員（維新）は「配置転換への刑事罰導入が人事担当者のプレッシャーや経営活性化への懸念になる」として刑事罰以外の手段による担保を検討すべきと中立的立場を示しました。伊東大臣は「虚偽の通報を頻繁に行う懸念」や「事業者の人事労務管理が大きく制約されるおそれ」を理由として現状困難と繰り返し表明しました。附帯決議では、報復目的の配置転換への立証責任転換と刑事罰適用の検討が盛り込まれました。

今回の改正では解雇・懲戒への刑事罰導入と立証責任転換が実現した一方、配置転換への保護拡大や探索行為への刑事罰など積み残し課題が多く、野党各党からは一刻も早い再改正を求める声が相次いだ。検討期間は六派共同修正案により施行後五年から三年に短縮され、附帯決議では報復目的の配置転換への対応、正当な理由の指針明確化、濫用的通報の実態調査など多岐にわたる検討事項が政府に求められた。