阿部圭史委員（日本維新の会）は、マイナポータル期間連携APIが日本のPHR（パーソナル・ヘルス・レコード）構築に重要な施策であるとして積極的に推進すべきと主張した。現在医療保険情報取得APIのみが対象であるところ、介護や生命保険など他領域への拡大可否をデジタル庁に質問。デジタル庁の三浦政府参考人は「更なる利便性の向上を目指して検討を進めていきたい」と回答した。また、APIの自動連携期間（現行90日）の延長についても、セキュリティリスクと利便性の比較考量を継続して検討する方針が示された。阿部委員は「PHRを伸ばす観点からも非常に重要」として拡大・延長を求めた。

山井和則委員（立憲民主党）は、八幡愛委員からの消費税財源の質問に答える形で、基礎年金の底上げ（修正案）について言及した。山井委員は「消費税増税は当てにしない」と明言した上で、底上げにより生活保護の高齢者増加を防ぐ効果があると主張。「このままいくと生活保護の高齢者が百万人増え、累計二十兆円国庫負担が増えるという試算がある」とし、修正案による年金底上げが低年金者・障害のある方の生涯年金受給額を大幅に増加させ、社会コスト削減にもつながると述べた。

阿部圭史委員（日本維新の会）が、CTやMRIの画像情報が医療保険情報APIの範囲に含まれていない理由を質問。福岡資麿大臣（中立）は、画像情報の共有については「有用という意見がある一方、データ容量が大変大きく、システム改修コスト・ランニングコストなどの増加等が課題」と説明し、医療関係者の意見を聞きながら慎重に検討を進める方針を示した。阿部委員はハードの観点ではシステム側の制約が大きいと確認しつつ、PHRを進める観点から取り組みが必要と述べた。

浅野哲委員（国民民主党）は討論の中で、政府提出法案について「企業規模要件の撤廃や在職老齢年金の見直しといった評価できる点もある」と述べ、在職老齢年金制度の見直しを法案の評価すべき点の一つとして言及した。また、年金局長の間政府参考人は、今回の法案に「来年令和8年4月から施行予定の在職老齢年金制度の見直し」が含まれると説明している。

森ようすけ委員（国民民主党）は、基礎年金の納付期間を40年から45年に延長することで所得代替率が4ポイント上昇するとの財政検証オプションを示し、高齢者就業促進と連動させて「延長に向けた議論をより前向きに進めていくべき」と主張した。福岡資麿大臣は「追加的な保険料負担をお願いしてまで給付水準を改善する必要性は乏しい」として今回の改正での対応を見送ったとしつつ、「基礎年金の給付水準を確保する有効な手段の一つ」として検討規定に基づき対応を進めると表明した。浜地雅一委員（公明党）も「重要な問題として検討事項に盛り込まれている」と確認。石破茂総理は「検討規定に盛り込んだ課題として議論を進める方針」を示し、浅野委員も国民民主党修正案でその方向性を法案に明記するよう求めた。

本会議の中心的な争点。修正案提出者の田村憲久委員（自民党）は「基礎年金がこのままだと減っていく中でマクロ経済スライド調整の早期終了が元々の強い思い入れ」と明言し、三党共同修正案の意義を強調した。長妻昭委員（立憲民主党）は「マクロ経済スライドを一刻も早く止めたい」という強い思いを明言した上で、修正案により現役世代の年金三割カット防止につながると主張。大塚小百合委員（立憲民主党）は修正案に賛成し、低年金者・現役世代・若者の老後貧困防止に寄与すると評価した。一方、八幡愛委員（れいわ新選組）は「マクロ経済スライドの即時廃止なしでは年金問題の解決にならない」として強く反対し、修正案でも「今後十二年間削減継続となる」と批判した。田村貴昭委員（共産党）も三党修正案では二〇三七年まで削減が継続されるとして容認できないと反対した。森ようすけ委員（国民民主党）は修正案の重要性は認めつつ、委員長職権での採決という議論の拙速さに疑義を示した。

複数の委員が超党派・国民的議論の場の設置を求めた。浅野哲委員（国民民主党）は「より幅広い関係者を入れた協議体をできるだけ早く立ち上げていただきたい」と福岡大臣に求め、大臣は「幅広い議論を形成していく必要性は認識している。どういう形で協議をしていくか今後検討する」と回答した。阿部圭史委員（日本維新の会）は「政争の具にせず超党派の社会保障国民会議のようなものをつくり、じっくりと議論するべき」と冒頭から主張。青柳仁士委員（日本維新の会）もイギリスの党派性を排除した独立的な年金委員会を例に、「超党派の社会保障国民会議が必要」と総理に提言した。石破茂総理は「与野党において真摯に協議を行うことは重要」としつつ、「協議の在り方は国会において適切に議論していただくのがよい」と曖昧な姿勢にとどまった。

阿部圭史委員（日本維新の会）が資料を示しながら、有事の際の自衛隊員への輸血体制について質問した。防衛省の本田副大臣は、前線では血液型を合わせた輸血が困難なため低力価O型全血液を確保する方針であり、「広義の隊員間輸血」（医療施設と前線での輸血）と「狭義の隊員間輸血」（同一施設内）の定義を説明した。阿部委員は供血者を自衛隊員だけでなく公務員全体に広げる可能性を提案し、自らも「喜んで供血をしたい」と申し出た。福岡大臣は「日本赤十字社などと連携しながら防衛省との協力を継続していく」方針を表明し（賛成寄り）、阿部委員は薬事承認が大きな障壁になるとして特段の配慮を求めた。

阿部圭史委員（日本維新の会）は、令和6年度のコロナワクチン定期接種助成において、当初7千円と見積もった接種費用が実際は1万5千6百円だったと指摘し、価格見積りの失敗原因を質問した。厚労省の鷲見政府参考人は、令和5年12月の予算案作成時点ではコロナワクチンが市場流通しておらず、インフルエンザワクチンの費用を参考に積算し、その後令和6年2月にメーカーに希望小売価格を照会したと説明した。阿部委員は「政策を設定する前に民間企業の意見を聞いていなかった」「役所だけで仕事をしている」と批判し（反対寄り）、官民が一体となった政策立案を求めた。

田村貴昭委員（共産党）は、マクロ経済スライドの早期終了措置と組み合わせた上で厚生年金の標準報酬月額上限を医療保険並みに抜本的に引き上げれば、調整期間の大幅短縮が可能になると主張した。これに対し、厚労省の間政府参考人は、今回の法案での上限引上げ（65万円→75万円）に加え、仮に98万円まで引き上げたとしてもマクロ経済スライド調整期間への影響は「一年程度と限定的」と答弁した。長妻昭委員（立憲民主党）も「標準報酬月額引上げの財政改善効果は非常に少ない」として限定的な評価を示し、適用拡大（週10時間要件への引下げ）の方が改善効果が大きいと述べた。

阿部圭史委員（日本維新の会）は、キャンプ瑞慶覧（西普天間住宅地区）の返還跡地に琉球大学医学部・大学病院が移転し、令和7年4月から稼働を開始したことを取り上げ、総事業費1161億円のうち878億円が沖縄振興予算で措置されたことを確認。同拠点を「非常に重要かつ成功例」と評価し、沖縄の過大な基地負担を踏まえた特段の支援を求めた。福岡大臣は「特化した支援ではないものの」と断った上で、がん診療連携拠点病院の指定、AMED研究支援、地域医療支援センター運営支援、感染症指定医療機関への補助金等を挙げ、「活用できるものがある」と述べた。

森ようすけ委員（国民民主党）は、第三号被保険者制度が女性の就労調整の原因となっており、「労働政策の観点から見直すべき」と主張。福岡大臣は年金部会の議論整理として「適用拡大で対象者を縮小しつつ将来的見直し方向を検討する」方針を示した（中立）。浜地雅一委員（公明党）は「重要な問題として検討事項に盛り込まれている」と表明。石破茂総理も「検討規定に盛り込んだ課題として議論を進める」と発言。浅野委員（国民民主党）の提出した修正案では、第三号被保険者の「廃止に向けて早急に検討」という規定を盛り込んでいると説明した。

浅野哲委員（国民民主党）は討論の中で、政府提出法案における企業規模要件の撤廃について「評価できる点」としつつ、「十年を要することは余りにも遅く、段階的適用中の労働者間の不公平さも看過できない」と批判した。国民民主党の修正案では、企業規模要件を令和12年9月30日までの間に撤廃することや、早期任意適用を進める方策の検討を盛り込むとして、政府案より前倒しの対応を求めた。

田村貴昭委員（共産党）は、更なる適用拡大と標準報酬月額上限の引上げを組み合わせることでマクロ経済スライドの停止が可能になると主張した（賛成寄り）。長妻昭委員（立憲民主党）は、現行の適用拡大（約200万人）に対し、週10時間への労働時間要件引下げで800万人以上に拡大でき「かなりの改善効果がある」として追求したいと表明した（賛成寄り）。一方、事業主負担等の利害調整が困難であることも認め、「今できる限りの法案のベスト」として三党修正案の理解を求めた。

森ようすけ委員（国民民主党）は、改正案における遺族厚生年金の支給期間を原則5年へと大幅短縮する見直しについて、「制度内容の国民への説明が不十分で、SNSでも多くの批判の声が上がっている」と指摘し、拙速な議論への疑念を示した（反対寄り）。福岡大臣は専門家の議論を経て制度を構築してきたと説明しつつ、「国民に分かりやすく周知し理解をいただく必要性については委員御指摘のとおり」と認めた。田村貴昭委員（共産党）は討論の中で、「有期化は遺族の生活保障機能を弱めるものだ」として反対し、「男女格差の解消には現在の女性に合わせて男性の給付を手厚くすべき」と主張した（反対寄り）。

八幡愛委員（れいわ新選組）は、共同通信が報道した障害年金不支給問題を取り上げ、センター長の恣意的判断による不支給や、厚労省が「ひそかにやり直した」ことを昨日認めたと指摘し、「年金機構への不信感でしかない」として大臣に指導を強く求めた。福岡資麿大臣は「年金行政の信頼に関わる大変重要な問題」として、令和6年度の障害年金認定状況の実態把握調査を6月中旬に公表し、「その結果を踏まえて必要な対応を取り、日本年金機構に対する国民の信頼が得られるよう引き続きしっかり指導する」と表明した（賛成寄り）。

八幡愛委員（れいわ新選組）は、障害年金の不支給問題において厚労省が認定のやり直しを「ひそかに」行っていたことを不信感の源として問題視し、透明性の確保を強く求めた。福岡資麿大臣は、調査結果を踏まえ必要な対応を取るとともに、附帯決議では「恣意的な判定がなされないよう透明性を確保するための検討を行い必要な措置を講ずること」が盛り込まれたことを受け、「国民の信頼確保に向けしっかり指導する」と表明した（賛成寄り）。

三党共同修正案（基礎年金のマクロ経済スライド調整期間早期終了措置）及び修正部分を除く政府原案が起立多数で可決され、国民民主党・共産党提出の各修正案はいずれも起立少数で否決された。附帯決議として、障害年金の認定透明性確保、基礎年金拠出期間延長や第三号被保険者制度の見直しの検討、低年金者支援策の検討などが付された。審議期間の短さに対して野党各党から強い抗議が相次いだ。