デュアルユース技術に関する学術会議の立場と今後の在り方について議論が行われました。山谷えり子委員は、インターネットやGPS、ドローン等を例示しながら「今の科学技術では、デュアルユースの考え方が主流」と述べ、2017年の軍事的安全保障研究に関する声明の見直しを求め、「新しい考え方をすっきりと発出し直してほしい」と要求しました。光石衛会長（参考人）は、2022年7月に当時の梶田会長が示した「先端科学技術をデュアルユースとそうでないものに単純に二分することはもはや困難」との考え方を紹介し、中立的な立場から現状認識を示しました。大島九州男委員は、安全保障技術研究推進制度について「軍産学連携強化を図ろうとしたものであり、学術を巻き込もうとする動きへの学術会議の異議申立てとして声明を評価すべき」と述べ、反対寄りの立場を表明しました。

日本学術会議がナショナルアカデミーとして国際的な役割を果たしていくための機能強化について議論されました。坂井学大臣は、「ナショナルアカデミーにサイエンス・フォー・ポリシーが強く求められていることが世界の潮流であり、学術会議が国民や社会からの理解と信頼を得て支持を拡大していくためには、この考え方を取り入れることも不可欠」と述べ、機能強化が喫緊の課題であると支持する立場を示しました。光石衛会長（参考人）は、第二十六期アクションプランを公表し、「タイムリー・スピーディーな意思の表出と科学的助言機能の強化、ナショナルアカデミーとしての国際プレゼンスの向上」等に取り組んでいると述べ、機能強化への積極的な姿勢を示しました。山本啓介委員は「ナショナルアカデミーとして、世界の同組織と伍するしっかりとしたものになるように引き続き取り組んでまいりたい」と表明しました。

2020年の菅政権下における6名の会員任命拒否問題と、その根拠となった法解釈の経緯が激しく議論されました。井上哲士委員（共産党）は、1983年の法改正当時に「内閣総理大臣の任命は形式的である」と確定した解釈が、2018年に国会への説明なしに覆され6名が任命拒否されたと強く批判し、「一方的な解釈変更が許されるならば、この委員会でどんな答弁をしようとも後で覆ってしまう」と述べました。石垣のりこ委員（立憲）も、法解釈変更の意思決定過程が開示されないことは「行政監視機能の侵害」だと主張しました。光石衛会長（参考人）は「任命されない理由について、政府から現在も回答がなされていない」と表明しました。坂井学大臣は「任命権者たる内閣総理大臣が国民に対して責任を負えるものでなければならないという観点から判断したもの」と説明し、解釈変更はなかったとの立場を繰り返しました。片山大介委員（維新）は「任命拒否の理由を隠す必要はない」と指摘しつつ、この問題が法案本来の審議に影響を及ぼすことを懸念しました。

法人化後の学術会議の財政基盤のあり方について議論されました。坂井学大臣は「外部資金を獲得する努力を通じて、財政基盤の強化や活動の活性化にも資することになる」と述べ、多様化を支持する立場を示しました。片山大介委員（維新）は「将来的には外部の資金をきちんと獲得していく努力をしていくべきで、そうであってこそ初めて独立した機関として中立的な立場からの提言が可能」と主張しました。光石衛会長（参考人）は、外部資金獲得の可能性は認めつつも「それほど多く稼げるようになるとは考えていない」と述べ、「資金を得ることが目的ではなく、機能を十分に果たすための安定した財政基盤の確保が必要」と主張しました。政府参考人は、2025年度予算が10年以上続いた約9億円から12億円に増額されたことを説明しました。

2020年の任命拒否に関連する内閣法制局審査資料の黒塗り部分の開示問題が詳細に議論されました。石垣のりこ委員は、黒塗り部分には「任命拒否できる場合の判断基準や要件などが記載されている」と主張し、その即時開示を求めました。事務局側（相川政府参考人）は、当該部分は「内閣総理大臣による会員の任命に関する法解釈についての検討の過程で作成された文案で、最終版には記載されなかった未成熟な記載」であり、情報公開法の不開示事由に該当すると説明しました。井上哲士委員は2018年9月27日付け文書に「内閣総理大臣に拒否の権能はないものと解するのが相当」と明記されていたことを指摘し、「形式的任命という解釈が変更されたことは明らか」と批判しました。坂井大臣は「現行法の解釈と今回の法案は無関係」とし、不開示は適法との立場を維持しました。片山委員は「黒塗り部分を隠す必要はない」と指摘しました。東京地裁が全面開示を命じた判決が引用され、政府が控訴したことも確認されました。

法人化後の会員選考の透明性と客観性をどのように担保するかについて議論されました。坂井学大臣は、「ダイバーシティの大枠・専門分野の設定・会員数の配分を内外に説明できる形で定め、会員以外からの候補者推薦の仕組みを設け、分野別業績審査委員会が投票で選考する」などの具体的な仕組みを説明し、透明性・客観性を担保すると述べました。山谷えり子委員は、若手・産業界の会員が3〜4%と少ない現状を指摘し、「公募や数値目標などで著しい偏りがないように」求めました。鬼木誠委員（立憲）は「選定助言委員会による意見が外部介入となりコオプテーション方式をゆがめる懸念がある」と指摘しました。

法人化によって学術会議の独立性が担保されるかどうかが議論されました。井上哲士委員は「任命拒否問題の解決なしに法案審議自体あり得ない」として、現法案では独立性が担保されないと強く批判しました。石垣のりこ委員は「特殊法人化しても独立性は自動的に担保されず組織の組み立て次第」と批判し、独立性の法文への明示を求めました。光石衛会長（参考人）は「法人化したからといって独立性が高まるわけでなく、組織の組み立て次第」と述べました。鬼木誠委員は「独立性という文言が削除され自主性・自律性への配慮という表現になっており独立性の担保が不十分」と懸念を表明しました。坂井大臣は「法人化により独立性・自律性が抜本的に高まり、海外アカデミーのような柔軟な活動が可能になる」として法人化を支持しました。

法人化後の独立性・自律性の確保に関する条文上の問題が詳細に議論されました。鬼木誠委員は「独立性を尊重する」という表現と「自主性・自律性に配慮する」という表現の差異について繰り返し質問し、政府参考人は「独立性という概念は国の機関でないと使えないシチュエーションの問題」と説明しました。石垣のりこ委員は「独立性を法文に明示すべき」と主張しました。竹谷とし子委員は、政府説明「法人化によって独立性が組織面でも明確になる」を前提に、実質的な独立性確保を重視する立場から質疑しました。坂井大臣は「法人化することで国から独立して職務を行うことが明らか」であり、独立性を明記する規定は不要との立場を示しました。学術会議は、ナショナルアカデミーの五要件のうち活動面での政府からの独立と会員選考における自主性・独立性が充足されていないとして修正を求めており、光石会長（参考人）もこの懸念は払拭されていないと表明しました。

竹谷とし子委員が、海上技術短期大学校と海技大学校の課程について、他大学での単位認定を強く要望しました。「座学や実習は商船系大学と同じ」と指摘し、既卒者への適用も求めました。国交省の堀政府参考人は「学生のニーズを確認しつつ、単位認定の対象とできるか、海技教育機構及び文部科学省と相談してまいりたい」と前向きに回答しました。

国の機関のままでは海外アカデミーとの対等な交流が困難であることが議論されました。坂井学大臣は「国の機関のままでは外部資金の受領や共同事業への対等参加ができず、法人化が必要」と述べ、実際に海外アカデミーとの共同プロジェクトに参加できなかった事例（外部資金を使えず参加できないと言われた例）を紹介しました。光石衛会長（参考人）は、第二十六期アクションプランにおいて「ナショナルアカデミーとしての国際プレゼンスの向上」に取り組んでいると表明しました。

竹谷とし子委員が、韓国の大学（3月スタート）への留学を希望する学生に対する海外留学支援制度の周知と柔軟な対応を求めました。一年前の申込みが必要なため対応できなかったとの相談事例を紹介しました。文科省の奥野政府参考人は「高校2年生からの申込みが可能である旨の丁寧な周知を行ってまいりたい」と前向きに回答しました。

内閣総理大臣が任命する監事と内閣府に置く評価委員会の必要性・妥当性をめぐって議論が行われました。坂井学大臣は「監事・評価委員会は学術会議の適法・適正な運営を担保するために必要最小限の仕組み」と述べて支持しました。山本啓介委員は「監事が目的に沿った運営をチェックする機能として政府の関与に鍵を掛けるものとして期待する」と表明しました。片山大介委員も「監事・評価委員会は政府介入でなく、適正運営を示すお墨付きになる」と支持しました。一方、光石衛会長（参考人）は「総会と異なる者が選任する監事が監査を行うと法人の適正な運営に支障が生じる懸念がある」と述べました。鬼木誠委員は「総理任命の監事が適正性まで監査すると無言の圧力になりかねない」と懸念を表明しました。

学術会議の前文削除問題や政府の学術・学問への姿勢をめぐり、学問の独立性保障について活発な議論が行われました。井上哲士委員は、大臣が「特定イデオロギーを繰り返す会員は解任できる」と衆議院で発言したことについて「その発言自身が政治介入であり撤回を求める」と強く批判しました。光石衛会長（参考人）は、現行法の前文が「科学者の決意から政府側の期待へと変質している」と分析し、懸念が払拭されていないと述べました。大島九州男委員は「学術会議が堂々と学者としての意見を胸を張って言える独立した存在であってほしい」と述べ、現法案への懸念を表明しました。鬼木誠委員は、政府が学術・学問・知性に対して「敬意を欠き反知性主義的態度を示している」と強く批判しました。

与党側は法人化による独立性・自律性の抜本的強化と機能強化を支持し、監事・評価委員会は必要最小限のガバナンス機能であると説明した。一方、野党側は2020年の任命拒否問題に関連する法解釈変更文書の黒塗り開示を強く求め、法案の審議前提を欠くと批判するとともに、独立性の法文明示や前文の復活を含む修正を要求し、法律会議からも修正を求める声明が出されていることが確認された。学術会議の光石会長（参考人）は、懸念が完全に払拭されていないと述べ、今後も慎重な審議を望む立場を表明した。