改正法によって拡大されるビデオリンク方式による証人尋問について、反対尋問権の実質的保障と公平性確保が議論された。小竹凱委員（中立）は、参考人の池田氏が「一段落ちる、例外的な手段だということは否定できない」と述べたことを引用し、ビデオリンクでは信用性評価が難しくなると指摘した上で、被告人同意要件の導入可能性を問うた。篠田奈保子委員（中立）は実務経験を踏まえビデオリンクの臨場感の欠如を指摘し、「裁判官にしっかりとその辺りを周知徹底いただきたい」と求めた。鈴木大臣（賛成寄り）は「ビデオリンク方式による証人尋問を定める刑事訴訟法の規定が証人審問権を侵害するものではないということが判示をされている」と述べ適切に運用されるよう周知すると約束した。森本刑事局長は被告人同意要件の創設については「現時点で考えておりません」と回答した。最高裁の平城長官代理者は改正法の内容・趣旨の周知徹底を行うと述べた。

刑事手続デジタル化法案が捜査機関側の便宜に偏り被疑者・被告人の防御権保護が不十分である点について、賛否を交えた議論が行われた。本村伸子委員（反対寄り）は討論で「本法案は、刑事訴訟手続のデジタル化に乗じて、捜査機関の利便性や権限を拡大するものです。一方で、国民、住民の権利保障や弁護活動に資する制度は盛り込まれず、人権保障に逆行するもの」として法案撤回を主張した。柴田勝之委員（反対寄り）は「犯罪捜査だけではなく、国民の人権を守るということも法務省の大切な職責であるはずです」と述べ、人権配慮の不十分さを指摘した。篠田奈保子委員（反対寄り）は「捜査機関側の便宜について資するような法改正は多いんですけれども、被疑者、被告人の防御権については多くは盛り込まれていない」と批判した。藤田文武委員（賛成寄り）はデジタル化に賛成しつつ「運用を抑制的に、しかも誠実に運用していくということが大事」と述べた。鈴木大臣（賛成寄り）は被疑者・被告人の利便性向上について「不断の検討、これを進めてまいりたい」と表明した。

刑事手続デジタル化に伴うサイバー攻撃等のセキュリティリスクについて議論が行われた。吉川里奈委員（反対寄り）は「閉域網の病院が攻撃をされた」事例などを挙げ「閉域であれば安全という時代はもう終わっております」として、現時点でのデジタル化推進の危険性を指摘し、「サイバー攻撃の専門家のチェックや意見を取り入れていただき、実効性のある対策を講じることを求めます」と要求した。島田洋一委員（賛成寄り）は「サイバー攻撃抑止力強化の観点から情報セキュリティーの確保が非常に重要」と述べ、難民認定問題とデータのやり取り増加との関連を指摘した。篠田奈保子委員（賛成寄り）は「サイバー攻撃などで捜査、公判で用いられる個人情報が流出することがないように、しっかりと厳格なセキュリティー水準を確保いただきたい」と述べ、司法関係者のデジタルリテラシー向上研修の必要性も求めた。森本局長は閉域回線の利用や無害化対策など「セキュリティー対策に万全を期すべく検討を進めている」と応じた。

外国人受入れの増加に伴うマクロ的な影響と政府の司令塔機能の必要性について議論が行われた。藤田文武委員（賛成寄り）は直近二年間で年約三十万人増加しているペースが続けば「二〇四〇年代には確実に日本人との比率は一〇％を超える」と試算し、「総量管理やキャップが必要」として「司令塔機能創設が必要と強く主張」した。石破総理が予算委員会で「人口庁」に言及したことを評価しつつ、同機能の法務大臣の見解を求めた。鈴木大臣（中立）は問題意識を「共感」しながらも、「キャップをかけるべきなのか、そこは今私の立場で申し上げる状況ではない」と留保しつつ、「何らかの司令塔機能であったり、現在の機構の中でどういう議論をしていくことができるのか、そういった整理をまずはしていくことが肝要」と応じた。

電磁的記録提供命令に伴い創設される秘密保持命令の期間制限について、与野党共同の修正案として「一年を超えない期間」を定めることが提案され、その意義や運用が議論された。黒岩宇洋委員（賛成寄り）は「未来永劫かかっている状況は困る」として期間制限の意義を確認し、米山隆一提出者（賛成寄り）は「無期限に秘密保持命令が発せられることとされていることに疑問が呈された」ため上限一年の修正を行ったと説明し、ドイツの六か月事例等を踏まえた与野党協議の経緯を述べた。藤田文武委員（賛成寄り）は「永久に続くというのはちょっとやり過ぎだということで期間を設ける」趣旨に賛同した。篠田奈保子委員（賛成寄り）は上限一年が安易に運用されないよう「必要な最低限の期間を定めるとともに、必要がなくなった場合には期間経過前であっても速やかに取り消す運用の周知徹底」を求め、鈴木大臣は「周知をしっかりと図ってまいりたい」と応じた。本村伸子委員（反対寄り）は秘密保持命令解除後も事業者が情報主体に通知する可能性は低く不服申立ての実効性に懸念を示し、吉川里奈委員（反対寄り）は企業・個人への過度な義務・罰則と批判した。

難民認定をめぐる裁判事例を踏まえ、偽装難民対策と情報セキュリティーとの関連について議論が行われた。島田洋一委員（賛成寄り）は、性的少数者を称するチュニジア人への難民認定をめぐる大阪地裁・高裁判決に言及し、「ＬＧＢＴなんだと言えば幾らでも難民として受け入れてくれるということになれば偽装難民が何億人と押し寄せてきかねない」として、難民認定申請抑止が情報セキュリティーにも重要と主張し、厳正な難民審査を強く求めた。鈴木大臣（賛成寄り）は個別事案への言及は差し控えつつ、「偽装難民ということが日本において起こらないように万全を尽くしている」と述べ、難民不認定処分取消し判決確定時の手続を説明した。

改正法による電子データを用いた証拠開示について、セキュリティー確保と弁護人の利便性向上の両立が議論された。篠田奈保子委員（賛成寄り）は「刑事事件の記録は性犯罪の被害者の個人情報など本当にセンシティブな情報の宝庫」として、「サイバー攻撃などで個人情報が流出することがないよう、厳格なセキュリティー水準を確保いただきたい」と求めた。鈴木大臣（賛成寄り）は性犯罪被害状況の動画データ等の流出リスクに言及しつつ、「関係者のプライバシー等を保護しつつ、弁護人の防御準備における利便性の向上を図る観点から、できる限りオンラインの方法による証拠の開示を認めていくことが望ましい」と述べた。

電磁的記録提供命令について通信傍受法と同様の消去規定等を設けるべきかが議論された。柴田勝之委員（反対寄り）は「通信傍受法では現にそのような規定を置いているわけですから、電磁的記録提供命令について同様の規定を置くことも決して不可能ではない」と主張し、「捜査機関としては通信傍受法のような厳しい規制はちょっと困るということにすぎないのではないか」と批判した。森本局長は通信傍受が「継続的かつ密行的」な処分であるのに対し電磁的記録提供命令は「処分の一時点において既に存在している電磁的記録の提供を命ずるもの」として性質が異なると説明した。鈴木大臣（中立）は「両制度を単純に比較することはできない」としつつ、消去義務付けについては「我が国における刑事法の基本的な考え方との整合性等が問題となることから慎重な検討を要する」と留保した。

電磁的記録提供命令の令状において、事件関連性のない個人情報取得をどう防ぐかについて議論が行われた。黒岩宇洋委員（賛成寄り）は電磁的記録提供命令では差押えと異なり事業者が現場での絞り込みができないため「電磁的記録命令の方がはるかに関連性のない情報を取得されてしまう可能性がある」として附則四十条の必要性を強調した。米山提出者（賛成寄り）は附則四十条が「事件との関連性について、漠然と全体的・抽象的に判断するのではなく、可能な限り個別具体的に判断されるべき」ものとした趣旨を説明した。柴田勝之委員（反対寄り）は「電磁的記録提供命令においては現場での絞り込みができないので、令状請求の段階での絞り込みを差押えより更に厳格に行わなければならない」と主張し周知を求め、鈴木大臣は通達等による周知を約束した。本村伸子委員（反対寄り）は法制審での令状特定性に関する議論が不十分であったとして「一から検討するべき」と法案撤回を主張した。

電磁的記録提供命令の運用における捜査機関の権限濫用防止と被疑者の権利保護について議論が行われた。本村伸子委員（反対寄り）は討論で「捜査機関の濫用を防ぐ手続は盗聴法よりもない」として消去義務規定や罰則がないことを批判し法案撤回を求めた。柴田勝之委員（反対寄り）は電磁的記録提供命令が「捜査機関にパスワードを教えなければ犯罪になると誤信させてパスワードを供述させる」ような憲法上の自己負罪拒否特権を侵害する運用がないよう周知を求めた。吉川里奈委員（反対寄り）は「本人不在のまま大量の個人情報が取得、利用される仕組みに国民の一人として強い違和感を覚えております」と述べた。鈴木大臣（賛成寄り）は自己負罪拒否特権と「抵触するものではない」としつつ、「不服申立てができることも含め適正な運用がなされる必要がある」として通達等による周知を約束した。

修正案は起立多数で可決され、原案も修正部分を除き起立多数で修正議決された。日本共産党（本村伸子委員）のみが、捜査機関の権限拡大に対する権利保護の不備を理由に反対討論を行い法案撤回を主張した。附帯決議が与野党六会派の共同提案で付され、オンライン接見の環境整備・法制化検討、ビデオリンク方式の適切な運用、電磁的記録の適正管理、セキュリティー確保等について政府・最高裁に格段の配慮を求めることが決定された。