坂井学大臣は「世界最高のナショナルアカデミーを目指す」との方向性を繰り返し強調し、法人化により自主性・自律性が高まり、組織運営の自由度が向上すると主張した。山本啓介議員（自民）は世界に伍するナショナルアカデミーとしての存在感を示せる形になることへの期待を述べた。一方、杉尾秀哉議員（立憲）は「政府案ではナショナルアカデミーの5要件—特に活動面での政府からの独立、安定した財政基盤、会員選考の自律性—が充足されていない」と批判し、新生学術会議は「がんじがらめになる」と強く訴えた。光石衛会長（参考人）は、法人化自体に反対するものではないが、5要件の充足と条文修正を求めることが会員の意思だと繰り返し表明した。5要件の国際的普遍性についても笹川参考人から、各国アカデミーの実態はばらばらであり、抽象的には正しくても細部は異なると説明があった。

柴田巧議員は、世界最高レベルのナショナルアカデミーを目指すには事務局機能の強化が不可欠であり、博士号保持者やURA（ユニバーシティー・リサーチ・アドミニストレーター）など専門スタッフの適切な配置が必要と主張した。坂井大臣は、法人化により自前の職員採用・長期配置が可能となり、応募資格や採用手続の自由度も高まること、非常勤の専門スタッフも各省庁の制約を受けず柔軟に配置できるようになると説明し、事務局機能の強化を期待すると述べた。法案では事務局の在り方を法定せず学術会議の自主性に委ねているが、国として年次計画に基づき財政支援する意向も示された。

石川大我議員（立憲）は、令和2年10月に任命されなかった6名の任命拒否理由の具体的開示と謝罪・再任命を求めた。坂井大臣は「個々の任命理由など人事の詳細は、公正かつ円滑な人事の確保に支障を及ぼすおそれがあり、お答えは差し控える」との答弁を繰り返した。木戸口英司議員（立憲）も「任命拒否問題の説明なしに法案を通すことはできない」と述べ、石破総理へ相談するよう求めた。光石会長（参考人）は「6名は引き続き第25期・第26期の会員候補者であるとの立場に変わりはない」とし、任命されない理由の説明を政府に求めた。黒塗り開示と任命拒否理由の明示なしに採決は行うべきでないとする野党側と、人事の詳細として開示を拒否し続ける政府との間で対立が続いた。

本テーマは「会員任命拒否と法解釈の開示」と実質的に同一の議論であり、奥村政佳議員（立憲）の質疑も加わった。奥村議員は、内閣法制局審査資料の黒塗り部分の開示なくして監事・評価委員制度の濫用懸念が払拭できないと訴え、参考人の川嶋氏の「法令解釈文書の黒塗りは国会の政府法令解釈監督権の否定であり、即刻開示が憲法上も必要」との見解を引きながら、黒塗り部分に特定のイデオロギーや政治的忌避を示す記述があるかどうかをイエス・ノーで問いただした。坂井大臣は内容の開示を拒否し続け、「あたかも政府の確定的な考え方との誤解を招く可能性があり、公正・円滑な人事の確保に影響を及ぼすおそれがある」との理由で不開示を維持した。木戸口議員・石川議員・井上哲士議員（共産）からも、黒塗り開示と任命拒否理由の明示なしに審議続行・採決は行うべきでないとの強い主張がなされた。

坂井大臣は、会員選考について「客観性・透明性の高い方法を法制度として担保する必要がある」として選定助言委員会の設置を支持した。片山大介議員（維新）は、選任理由の公表が努力義務にとどまっていることへの疑問を呈し、国民が納得できる透明性が本当に確保できるかと問いただした。一方、光石会長（参考人）は、現行でも外部団体からの意見聴取や選考方針の公表など透明性確保の取組を行っており、法定化は不要と示唆した。井上哲士議員（共産）は、学術会議が自主的に選定方針を策定し外部意見も取り込んでいる実態を指摘し、選定助言委員会の削除を求めた。透明性の法的担保を主張する政府・与党側と、自主的取組で十分として法定化に慎重な野党・参考人側との間で対立が続いた。

本テーマは会議全体の核心的争点として広範に議論された。坂井大臣は、法人化により自主性・自律性が高まり、海外アカデミーとの対等な交流が可能になると主張した。柴田巧議員（維新）は法人化と独立性強化に賛成し、法案成立を期待した。一方、杉尾秀哉議員（立憲）は「政府案は希代の悪法で独立性は外形上のものにすぎず、新生学術会議はがんじがらめになる」と強く批判し、修正案を提出した。石川大我議員（立憲）は「政府による学術会議の統制・支配が目的であり、民主主義に危険な法案だ」と主張し廃案を求めた。奥村政佳議員（立憲）は、形式的な独立ではなく学問の自由を真に守る態度が必要と述べ、政府の関与の多さを懸念した。木戸口英司議員（立憲）は、法人化はやむなしかもしれないが内容に懸念があり修正が必要と述べ、学術会議が同意していないことを指摘した。大島九州男議員（れいわ）は任命拒否からスタートした法案であり廃案にして出し直すべきと主張した。光石会長（参考人）は、法人化自体には反対しないが、5要件の充足と条文修正が会員の意思であり、条文修正を求めることが独立性尊重の明確化につながると述べた。

坂井大臣は、国の機関のままでは海外アカデミーや内外シンクタンクとの共同事業に対等な立場で参加できず、専門人材の登用や官民・外国との研究者交流にも制約があると説明し、法人化によってこれらの制約が解消され国際的プレゼンスの向上が期待できると述べた。柴田巧議員（維新）は、諸外国と同等の独立性を有するナショナルアカデミーになることで国際的な認知と発信力の向上が期待できると述べ、法人化の効果に賛成の立場を示した。竹谷とし子議員（公明）は、日本学術会議の国内外における権威を高め、世界のアカデミーと対等になることを求めた。笹川参考人は、法人化後は海外から「政府機関ではないか」との誤解がなくなることや、民間資金が入る共同事業への参加が容易になる点を具体的な効果として挙げた。

坂井大臣は、監事・評価委員会は学術的内容に立ち入らず、必要最小限のガバナンス確保であると説明した。柴田巧議員（維新）は、公正中立に機能すれば国民の信頼を高めるために必要であると述べた。一方、光石会長（参考人）は、内閣総理大臣任命の監事・評価委員が科学的助言の中立性に疑義を生じさせる懸念があると表明し、監事については「法人の長と任命権者が異なることで運営に支障を来すおそれがある」とした。杉尾秀哉議員（立憲）は修正案において監事・評価委員会の存置はやむなしとしつつ、天下り禁止・資格要件（弁護士・公認会計士等への限定）・中立性規定の明記を盛り込んだ。石川大我議員（立憲）も監事への天下り禁止と専門家への限定を主張した。政府側は「適材適所で任命すべき」として資格要件の限定に応じなかった。

坂井大臣は、法人化により財政基盤の多様化と外部資金獲得が可能になることを法人化の主要なメリットとして繰り返し強調した。柴田巧議員（維新）は、真の独立のために外部資金獲得は必須であり、寄附金控除の税制措置を早期に検討すべきと主張した。大臣は法人税等の税制措置は法案に盛り込まれており、寄附金控除についても政策決定プロセスに乗せる形で検討を進めると述べた。竹谷とし子議員（公明）は、財政基盤の多様化は法人化のメリットとして評価しつつ、独立性・中立性の確保も重要と述べた。片山大介議員（維新）は、全額国費での運営継続は法人化の趣旨に反するとし、費用を自ら稼ぐ覚悟を示すべきと述べた。杉尾秀哉議員（立憲）は、政府案の補助金規定では安定財源が保障されないとして、継続的・安定的な活動を可能にする規定を修正案に明記した。光石会長（参考人）は、外部資金獲得はメリットとも捉えられるが資金獲得自体が目的ではなく安定した財政基盤確保が必要であり、外部資金獲得時には利益相反に十分留意すると述べた。

政府は法人化により学術会議の自主性・自律性が高まり、世界最高のナショナルアカデミーを目指せると主張したが、野党側・光石会長はナショナルアカデミーの5要件が充足されておらず、独立性は外形上のものにすぎないと批判し、条文修正を強く求めた。会員任命拒否の理由と黒塗り文書の開示については政府が一貫して拒否し、これが審議の大きな障壁となって会議は議論が収束しないまま継続された。